Oscar Kuipers

Oscar Kuipers
Bestand:Oscar-kuipers-groot.jpg
Persoonlijke gegevens
Volledige naam	Oscar Paul Kuipers
Geboortedatum	12 mei 1956
Geboorteplaats	Rotterdam
Nationaliteit	Nederland
Werkzaamheden
Vakgebied	Moleculaire genetica
Universiteit	Rijksuniversiteit Groningen
Promotor	Prof. Dr. G.H. de Haas
Beroep	Hoogleraar
Bekende werken	Probing the mechanism of pancreatic phospholipase A2 by protein engineering
Overig
Website

Oscar Paul Kuipers (Rotterdam, 12 mei 1956) is een Nederlands hoogleraar Moleculaire genetica aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG). Tot zijn vakgebieden rekent hij onder meer Microbiologie, Biochemie & Moleculaire biologie en Biotechnologie. Hij gaf op uitnodiging ruim 180 keer een gastcollege op internationale congressen of buitenlandse universiteiten.

Studie en loopbaan

• Kuipers studeerde in 1986 af in de biologie aan de Universiteit Utrecht.
• In 1988 verkreeg Kuipers een EMBO Fellowship om gedurende drie maanden bij Dr. J. Gallay aan de Universiteit Parijs-Zuid in Orsay (Parijs) de time-resolved Fluorescentie te bestuderen. Time-resolved Fluorescentie is het bestuderen van dynamische processen in materialen of chemische verbindingen door middel van spectroscopische technieken. (EMBO is een organisatie van meer dan 1700 toonaangevende onderzoekers die excellentie bevordert in de levenswetenschappen. De belangrijkste doelstellingen van de organisatie ter ondersteuning van getalenteerde onderzoekers in alle stadia van hun loopbaan is het stimuleren van de uitwisseling van wetenschappelijke informatie en het helpen bouwen van een Europese onderzoeksomgeving waarin wetenschappers kunnen excelleren.)
• In 1990 promoveerde Kuipers aan de Rijksuniversiteit Groningen in de biochemie met het proefschrift Probing the mechanism of pancreatic phospholipase A2 by protein engineering.
• Van 1990 tot 1997 werkte hij als projectleider moleculaire genetica op de afdeling Biofysische Chemie van NIZO food research, een contractresearchcentrum in Ede.
• Van 1997 tot 1999 was hij hoofd genetica en onderzoeksleider van de sectie Microbial Ingredients van hetzelfde bedrijf.
• In 1998 ontving Kuipers een SHELL-fellowship om colleges te geven in de Verenigde Staten bij Prof. Mahendra Jain (Newark), Prof. Michael Gelb (Seattle) en Prof. Yang (San Francisco) en op een conferentie over Time Resolved Fluorescentie.
• Vanaf 1999 is Kuipers hoogleraar en hoofd van de ‘Molecular Genetics of Prokaryotes’ groep van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) van de Rijksuniversiteit Groningen.

Administratieve en Management functies

• 1999-2000 — Lid van het oprichtingscommittee van het Groningen Genomics Centre van de Rijksuniversiteit Groningen
• 1999-2007 — Lid van de Raad van bestuur van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnolgy Institute (GBB)
• 2000-2007 — Voorzitter van het Genetics Cluster van de Rijksuniversiteit Groningen
• 2011-heden — Lid van de wetenschappelijke adviesraad van het LOEWE Instituut voor Synthetische Microbiologie (Synmikro) in Marburg (Duitsland)
• 2013-heden — Vertrouwenspersoon Wetenschappelijke Integriteit, Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen, Rijksuniversiteit Groningen
• 2015-heden — Voorzitter en medeoprichter van het Centre for Sustainable Antimicrobials (CeSAM) van de Rijksuniversiteit Groningen
• 2015-heden — Mede hoofdonderzoeker, Centre for Antimicrobial Research (CARES). Voorzitter: Prof. Gilles van Wezel.

Onderzoek

In het onderzoek van Kuipers en zijn onderzoeksgroep worden fundamenteel onderzoek en biotechnologische concepten veelvuldig gecombineerd. Kuipers heeft inmiddels samen met zijn onderzoeksgroep 19 patenten op zijn naam staan en begeleidde inmiddels meer dan 21 postdoc fellows en 35 PhD-studenten bij hun promotieonderzoek. Op dit moment (oktober 2015) begeleidt hij 22 promovendi en 7 postdocs.

Belangrijk onderwerp van onderzoek is het bestuderen van de genetica en fysiologie van bacteriën. Zo wordt onder andere de celdifferentiatie van bacteriën onderzocht. Bacteriën kunnen tijdens hun groei verschillende eigenschappen ontwikkelen, terwijl hun genoom hetzelfde blijft. Kuipers: 'Inzichten uit ons onderzoek kunnen we toepassen, bijvoorbeeld voor het verbeteren van de eiwitproductie in industriële fermentaties'. Een ander belangrijk onderwerp is het modificeren van peptiden. Deze gemodificeerde peptiden, gemaakt door bacteriën, kunnen onder meer dienen als antibioticum. Gemodificeerde peptiden zijn chemisch stabieler en behouden langer hun functie. Dat is gunstig voor medische toepassingen. Verdere aandachtsgebieden zijn de moleculaire biologie van: competentieontwikkeling, sporulatie en bistabiliteit in Bacteria subtilis, de reconstructie van gennetwerken, antimicrobiële peptiden, m.n. lantibiotica, pathogenese mechanismen, celwand verankering, gecontroleerde genexpressiesystemen, de subcellulaire lokalisatie van eiwitten, stress respons, quorum sensing, regulering van de C- en N-metabolisme en biotechnologische toepassingen.

Onderzoek door studenten

Vanaf 2008 is Kuipers supervisor, coach en coördinator van het iGEM-studententeam Groningen. iGEM is een wereldwijde competitie op het gebied van de Synthetische Biologie tussen studenten-teams uit de hele wereld. Het team uit Groningen behaalde, in de jaarlijks in Boston (VS) georganiseerd internationale wedstrijd, gouden medailles in 2008, 2009 (tevens finalist), 2010, 2011, 2012 (tevens wereldkampioen), 2013 en (2014). Ook in 2015 werd opnieuw een gouden medaille gewonnen door het studententeam van de Rijksuniversiteit Groningen met het project Blue energy. Het team ontwikkelde een revolutionair membraan op basis van bacteriën voor het opwekken van blauwe energie, elektriciteit gemaakt op basis van de 'botsing' tussen zout en zoet water. In 2012 toen het team uit Groningen wereldkampioen werd betrof het een onderzoek naar een alternatieve methode om vast te stellen of voedsel bedorven is: de Food warden. Deze methode maakt gebruik van een genetisch gemanipuleerde bacterie die op de vluchtige stoffen van bedervend vlees reageert. Het bederf wordt zichtbaar gemaakt door een pigment.

Onderzoek met de industrie

• 2014-2017 Corbion, Corbion Thermophiles. Hoofdonderzoeker €530k
• 2010-2013 Purac, Competence in industrial Bacillus strains. Hoofdonderzoeker €420k
• 2004-2007 DSM Bakery Ingredients B.V. Sense: Screening for protein secertion using secretion stress indicators. Hoofdonderzoeker €640k
• 2001-2005 Frico + DSM Directing Starters Together 2 (meerdere partners). Hoofdonderzoeker €554k
• 2000-2006 Intervet International B.V. Expression of heterologous proteins in Bacillus. Hoofdonderzoeker €433k

Publicaties

Prof. dr. O.P. Kuipers werkte mee aan ruim 385 publicaties (365 artikelen in wetenschappelijke tijdschriften, 2 boeken en 18 hoofdstukken in boeken), waarvan 34 publicaties in 2015 verschenen. Kuipers artikelen zijn inmiddels meer dan 22.148 keer geciteerd en hij heeft een H-index van 75 en een i10 index van 270. Dit betekent dat 75 van zijn artikelen minstens 75 keer zijn geciteerd en dat 270 artikelen meer dan 10 keer zijn geciteerd.

• Kuipers, O.P., Thunnissen M.M.G.M., de Geus P., Dijkstra B.W., Drenth J., Verheij, H.M., de Haas G.H. (1989) Enhanced activity and altered specificity of phospholipase A2 by deletion of a surface loop. Science 244, 82-85.
• Thunnissen, M.M.G.M., AB, E., Kalk, K.H., Drenth, J., Dijkstra, B.W., Kuipers, O.P., Dijkman, R., de Haas, G.H. & Verheij, H.M. (1990) X-ray structure of phospholipase A2 complexed with a substrate-derived inhibitor. Nature 347, 689-691.
• Kuipers, O.P., Boot, H.J. & de Vos, W.M. (1991) Improved site-directed mutagenesis method using PCR. Nucleic Acids Research 19 (16), 4558.
• Kuipers, O.P., Rollema, H.S., Yap, W.M.G.J., Boot, H.J., Siezen, R.J. & de Vos, W.M. (1992) Engineering dehydrated amino acid residues in the antimicrobial peptide nisin. Journal of Biological Chemistry 267, 24340-24346.
• Kuipers, O.P., Beerthuyzen, M.M., de Ruyter, P.G.G.A., Luesink, E.J. & de Vos, W.M. (1995) Autoregulation of nisin biosynthesis in Lactococcus lactis by signal transduction. Journal of Biological Chemistry 270, 27299-27304.
• de Ruyter, P.G.G.A., Kuipers, O.P. & de Vos (1996) Controlled gene expression systems for Lactococcus lactis using the food-grade inducer nisin. Applied Environmental Microbiology 62, 3662-3667 .
• Breukink, E.J., Wiedemann, I., van Kraaij, C., Kuipers, O.P., Sahl, H.-G. & de Kruijff, B. (1999) Use of the cell wall precursor lipid II by a pore-forming peptide antibiotic. Science 286, 2361-2364.
• Hasper, H.E., Kramer, N.E., Smith, J.L., Hillman, J.D., Zachariah, C., Kuipers, O.P., de, Kruijff, B. & Breukink, E. (2006) An alternative bactericidal mechanism of action for lantibiotic peptides that target lipid II. Science 313, 1636-1637.
• Kloosterman, T.G., van der Kooi-Pol, M.M., Bijlsma, J.J. & Kuipers, O.P. (2007) The novel transcriptional regulator SczA mediates protection against Zn(2+) stress by activation of the Zn(2+)-resistance gene czcD in Streptococcus pneumoniae. Mol. Microbiol. 65, 1049-1063.
• Martinez, B., Zomer, A.L., Rodriguez, A., Kok, J. & Kuipers, O.P. (2007) Cell envelope stress induced by the bacteriocin Lcn972 is sensed by the Lactococcal two-component system CesSR. Mol. Microbiol. 64, 473-486.
• Rink, R., Wierenga, J., Kuipers, A., Kluskens, L.D., Driessen, A.J., Kuipers, O.P. & Moll, G.N. (2007) Production of Dehydroamino Acid-Containing Peptides by Lactococcus lactis. Appl. Environ. Microbiol. 73, 1792-1796.
• Smits, W.K., Bongiorni, C., Veening, J.W., Hamoen, L.W., Kuipers, O.P. & Perego, M. (2007) Temporal separation of distinct differentiation pathways by a dual specificity Rap-Phr system in Bacillus subtilis. Mol. Microbiol. 65, 103-120.
• Wegmann, U., O'connell-Motherway, M., Zomer, A., Buist, G., Shearman, C., Canchaya, C., Ventura, M., Goesmann, A., Gasson, M.J., Kuipers, O.P., van Sinderen, D. & Kok, J. (2007) The complete genome sequence of the lactic acid bacterial paradigm Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363. J. Bacteriol. 189, 3256-3270.
• Brouwer, R.W., Kuipers, O.P. & Hijum, S.A. (2008) The relative value of operon predictions. Brief. Bioinform. 9, 367-375.
• Buist, G., Steen, A., Kok, J. & Kuipers, O.P. (2008) LysM, a widely distributed protein motif for binding to (peptido)glycans. Mol. Microbiol. 68, 838-847.
• Veening, J.W., Igoshin, O.A., Eijlander, R.T., Nijland, R., Hamoen, L.W. & Kuipers, O.P. (2008) Transient heterogeneity in extracellular protease production by Bacillus subtilis. Mol. Syst. Biol. 4, 184.
• Veening, J.W., Smits, W.K. & Kuipers, O.P. (2008) Bistability, epigenetics, and bet-hedging in bacteria. Annu. Rev. Microbiol. 62, 193-210.
• Veening, J.W., Stewart, E.J., Berngruber, T.W., Taddei, F., Kuipers, O.P. & Hamoen, L.W. (2008) Bet-hedging and epigenetic inheritance in bacterial cell development. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105, 4393-4398.
• Kovacs, A.T., Smits, W.K., Mironczuk, A.M. & Kuipers, O.P. (2009) Ubiquitous late competence genes in Bacillus species indicate the presence of functional DNA uptake machineries. Environ. Microbiol. 11, 1911-1922.
• Lubelski, J., Khusainov, R. & Kuipers, O.P. (2009) Directionality and coordination of dehydration and ring formation during biosynthesis of the lantibiotic nisin. J. Biol. Chem. 284, 25962-25972.
• van Hijum, S.A., Medema, M.H. & Kuipers, O.P. (2009) Mechanisms and evolution of control logic in prokaryotic transcriptional regulation. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73, 481-509.
• de Jong A., van Heel, A.J., Kok, J. & Kuipers, O.P. (2010) BAGEL2: mining for bacteriocins in genomic data. Nucleic Acids Res. 38, W647-W651.
• de Jong, I.G., Veening, J.W. & Kuipers, O.P. (2010) Heterochronic phosphorelay gene expression as a source of heterogeneity in Bacillus subtilis spore formation. J. Bacteriol. 192, 2053-2067.
• Majchrzykiewicz, J.A., Lubelski, J., Moll, G.N., Kuipers, A., Bijlsma, J.J., Kuipers, O.P. & Rink, R. (2010) Production of a class II two-component lantibiotic of Streptococcus pneumoniae using the class I nisin synthetic machinery and leader sequence. Antimicrob. Agents Chemother. 54, 1498-1505.
• de Jong, I.G., Haccou, P. en Kuipers, O.P. (2011) Bet hedging or not? A guide to proper classification of microbial survival strategies. Bioessays 33, 215-223.
• Eijlander, R.T., Abee, T. en Kuipers, O.P. (2011) Bacterial spores in food: how phenotypic variability complicates prediction of spore properties and bacterial behavior. Curr.Opin.Biotechnol. 22, 180-186.
• Khusainov, R., Heils, R., Lubelski, J., Moll, G.N. en Kuipers, O.P. (2011) Determining sites of interaction between prenisin and its modification enzymes NisB and NisC. Mol.Microbiol. 82, 706-718.
• Kloosterman, T.G. en Kuipers, O.P. (2011) Regulation of arginine acquisition and virulence gene expression in the human pathogen Streptococcus pneumoniae by transcription regulators ArgR1 and AhrC. J.Biol.Chem. 286, 44594-44605.
• Kovacs, A.T. en Kuipers, O.P. (2011) Rok regulates yuaB expression during architecturally complex colony development of Bacillus subtilis 168. J.Bacteriol. 193, 998-1002.
• Price, C.E., Zeyniyev, A., Kuipers, O.P. en Kok, J. (2011) From meadows to milk to mucosa - adaptation of Streptococcus and Lactococcus species to their nutritional environments. FEMS Microbiol.Rev. 36(5): 949-7
• Shafeeq, S., Kloosterman, T.G. en Kuipers, O.P. (2011) Transcriptional response of Streptococcus pneumoniae to Zn(2+) limitation and the repressor/activator function of AdcR. Metallomics 3, 609-618.
• Shafeeq, S., Yesilkaya, H., Kloosterman, T.G., Narayanan, G., Wandel, M., Andrew, P.W., Kuipers, O.P. en Morrissey, J.A. (2011) The cop operon is required for copper homeostasis and contributes to virulence in Streptococcus pneumoniae. Mol.Microbiol. 81, 1255-1270.
• van Heel, A.J., Montalban-Lopez, M. en Kuipers, O.P. (2011) Evaluating the feasibility of lantibiotics as an alternative therapy against bacterial infections in humans. Expert Opin.Drug Metab.Toxicol. 7, 675-680.
• Arnison, P.G., Bibb, M.J., Bierbaum, G., Bowers, A.A., Bugni, T.S., Bulaj, G., Camarero, J.A., Campopiano, D.J., Challis, G.L., Clardy, J., Cotter, P.D., Craik, D.J., Dawson, M., Dittmann, E., Donadio, S., Dorrestein, P.C., Entian, K.D., Fischbach, M.A., Garavelli, J.S., Goransson, U., Gruber, C.W., Haft, D.H., Hemscheidt, T.K., Hertweck, C., Hill, C., Horswill, A.R., Jaspars, M., Kelly, W.L., Klinman, J.P., Kuipers, O.P., Link, A.J., Liu, W., Marahiel, M.A., Mitchell, D.A., Moll, G.N., Moore, B.S., Muller, R., Nair, S.K., Nes, I.F., Norris, G.E., Olivera, B.M., Onaka, H., Patchett, M.L., Piel, J., Reaney, M.J., Rebuffat, S., Ross, R.P., Sahl, H.G., Schmidt, E.W., Selsted, M.E., Severinov, K., Shen, B., Sivonen, K., Smith, L., Stein, T., Sussmuth, R.D., Tagg, J.R., Tang, G.L., Truman, A.W., Vederas, J.C., Walsh, C.T., Walton, J.D., Wenzel, S.C., Willey, J.M., en van der Donk, W.A. (2012). Ribosomally synthesized and post-translationally modified peptide natural products: overview and recommendations for a universal nomenclature. Nat. Prod. Rep. 30, 108-60.
• de Jong, I.G., Veening, J.W., en Kuipers, O.P. (2012). Single cell analysis of gene expression patterns during carbon starvation in Bacillus subtilis reveals large phenotypic variation. Environ. Microbiol. 14, 3110-21.
• Marciniak, B.C., Pabijaniak, M., de Jong, A., Duhring, R., Seidel, G., Hillen, W., en Kuipers, O.P. (2012). High- and low-affinity cre boxes for CcpA binding in Bacillus subtilis revealed by genome-wide analysis. BMC Genomics 17;13:401
• Montalban-Lopez, M., Zhou, L., Buivydas, A., van Heel, A.J., en Kuipers, O.P. (2012). Increasing the success rate of lantibiotic drug discovery by Synthetic Biology. Expert Opin. Drug Discov. 7, 695-709.
• Boonstra, M., de Jong, I.G., Scholefield, G., Murray, H., Kuipers, O.P. en Veening, J.W. (2013) Spo0A regulates chromosome copy number during sporulation by directly binding to the origin of replication in Bacillus subtilis. Mol.Microbiol. 87, 925-938.
• van Heel, A.J., de Jong, A., Montalban-Lopez, M., Kok, J. en Kuipers, O.P. (2013) BAGEL3: Automated identification of genes encoding bacteriocins and (non-)bactericidal posttranslationally modified peptides. Nucleic Acids Res. 41, W448-53.
• van Heel, A.J., Mu, D., Montalban-Lopez, M., Hendriks, D. en Kuipers, O.P. (2013) Designing and producing modified, new-to-nature peptides with antimicrobial activity by use of a combination of various lantibiotic modification enzymes. ACS Synth.Biol. 2, 397-404.
• Eijlander, R.T., de Jong, A., Krawczyk, A.O., Holsappel, S. en Kuipers, O.P. (2014) SporeWeb: an interactive journey through the complete sporulation cycle of Bacillus subtilis. Nucleic Acids Res. 42, D685-91.
• Puri, P., Eckhardt, T.H., Franken, L.E., Fusetti, F., Stuart, M.C., Boekema, E.J., Kuipers, O.P., Kok, J. en Poolman, B. (2014) Lactococcus lactis YfiA is necessary and sufficient for ribosome dimerization. Mol.Microbiol. 91, 394-407.
• Siebring, J., Elema, M.J., Drubi Vega, F., Kovacs, A.T., Haccou, P. en Kuipers, O.P. (2014) Repeated triggering of sporulation in Bacillus subtilis selects against a protein that affects the timing of cell division. ISME J. 8(1): 77–87
• van Gestel .; Weissing F.J.; Kuipers O.P.; Kovacs A.T. (2014) Density of founder cells affects spatial pattern formation and cooperation in Bacillus subtilis biofilms. ISME J 8(10):2069-79
• Solopova A.; van Gestel J.; Weissing F.J.; Bachmann H.; Teusink B.; Kok J.; Kuipers O.P. (2014) Bet-hedging during bacterial diauxic shift. Proc Natl Acad Sci U S A 20;111(20):7427-32.
• Smith C.M.; Sandrini S.; Datta S.; Freestone P.; Shafeeq S.; Radhakrishnan P.; Williams G.; Glenn S.M.; Kuipers O.P.; Hirst R.A.; Easton A.J.; Andrew P.W.; (2014) Respiratory syncytial virus increases the virulence of Streptococcuspneumoniae by binding to penicillin binding protein 1a. A new paradigm in respiratory infection. Am J Respir Crit Care Med 190(2):196-207
• Overkamp W.; Ercan O.; Herber M.; van Maris A.J.; Kleerebezem M.; Kuipers O.P. (2015) Physiological and cell morphology adaptation of Bacillus subtilis at near-zero specific growth rates: a transcriptome analysis. Environ Microbiol. 17(2):346-63
• Kuipers O.P. (2015) Back to nature: a revival of natural strain improvement methodologies. Microb Biotechnol. 8(1):17-8.
• Zhou L., van Heel A.J., Kuipers O.P. (2015) The length of a lantibiotic hinge region has profound influence on antimicrobial activity and host specificity. Front. Microbiology 29:6:11
• Afzal M., Shafeeq S., Kuipers O.P. (2015) Ascorbic acid-dependent gene expression in Streptococcus pneumoniae and the activator function of the transcriptional regulator UlaR2. Front Microbiology 11:6:11
• Mu D., Montalbán-López M., Deng J., Kuipers O.P. (2015) Substrate selectivity of the lantibiotic reductase LtnJ assessed by a collection of nisin derivatives as substrate. Appl Environ Microbiol 81(11):3679-87
• Detert Oude Weme R.G., Kovács Á.T., de Jong S.J., Veening J.,. Siebring J., Kuipers O.P. (2015) Single cell FRET analysis for the identification of optimal FRET-pairs in Bacillus subtilis using a prototype MEM-FLIM system. PLoS One.17;10(4)
• Grimbergen A.J., Siebring J., Solopova A., Kuipers O.P. (2015) Microbial bet-hedging: the power of being different. Curr Opin Microbiol. 26;25:67-72
• de Jong A., van der Meulen S., Kuipers O.P., Kok J. T-REx: Transcriptome analysis webserver for RNA-seq Expression data. BMC Genomics. 2015 Sep 3;16:663.
• Medema M.H., Kottmann R., Yilmaz P., Cummings M., Biggins J.B., Blin K., de Bruijn I., Chooi Y.H., Claesen J., Coates R.C., Cruz-Morales P., Duddela S., Düsterhus S., Edwards D.J., Fewer D.P., Garg N., Geiger C., Gomez-Escribano J.P., Greule A., Hadjithomas M., Haines A.S., Helfrich E.J., Hillwig M.L., Ishida K., Jones A.C., Jones C.S., Jungmann K., Kegler C., Kim H.U., Kötter P., Krug D., Masschelein J., Melnik A.V., Mantovani S.M., Monroe E.A., Moore M., Moss N., Nützmann H.W., Pan G., Pati A., Petras D., Reen F.J., Rosconi F., Rui Z., Tian Z., Tobias N.J., Tsunematsu Y., Wiemann P., Wyckoff E., Yan X., Yim G., Yu F., Xie Y., Aigle B., Apel A.K., Balibar C.J., Balskus E.P., Barona-Gómez F., Bechthold A., Bode H.B., Borriss R., Brady S.F., Brakhage A.A., Caffrey P., Cheng Y.Q., Clardy J., Cox R.J., De Mot R., Donadio S., Donia M.S., van der Donk W.A., Dorrestein P.C., Doyle S., Driessen A.J., Ehling-Schulz M., Entian K.D., Fischbach M.A., Gerwick L., Gerwick W.H., Gross H., Gust B., Hertweck C., Höfte M., Jensen S.E., Ju J., Katz L., Kaysser L., Klassen J.L., Keller N.P., Kormanec J., Kuipers O.P., Kuzuyama T., Kyrpides N.C., Kwon H.J., Lautru S., Lavigne R., Lee C.Y., Linquan B., Liu X., Liu W., Luzhetskyy A., Mahmud T., Mast Y., Méndez C., Metsä-Ketelä M., Micklefield J., Mitchell D.A., Moore B.S.,Moreira L.M., Müller R., Neilan B.A., Nett M., Nielsen J., O'Gara F., Oikawa H., Osbourn A., Osburne M.S., Ostash B., Payne S.M., Pernodet J.L., Petricek M., Piel J., Ploux O., Raaijmakers J.M., Salas J.A., Schmitt E.K., Scott B., Seipke R.F., Shen B., Sherman D.H., Sivonen K., Smanski M.J., Sosio M., Stegmann E., Süssmuth R.D., Tahlan K., Thomas C.M., Tang Y., Truman A.W., Viaud M., Walton J.D., Walsh C.T., Weber T., van Wezel G.P., Wilkinson B., Willey J.M., Wohlleben W., Wright G.D., Ziemert N., Zhang C., Zotchev S.B., Breitling R., Takano E., Glöckner F.O.; Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster. Nat Chem Biol. 2015 Aug 18;11(9):625-31. doi: 10.1038/nchembio.1890. PubMed PMID 26284661.
• Manzoor I., Shafeeq .S, Kloosterman T.G., Kuipers .O.P; Co(2+)-dependent gene expression in Streptococcus pneumoniae: opposite effect of Mn(2+) and Co(2+) on the expression of the virulence genes psaBCA, pcpA, and prtA. Front Microbiol. 2015 Jul 24;6:748. doi: 10.3389/fmicb.2015.00748.
• Grau R.R., de Oña P., Kunert M., Leñini C., Gallegos-Monterrosa R., Mhatre E., Vileta D., Donato V., Hölscher T., Boland W., Kuipers O.P., Kovács Á.T.; A Duo of Potassium-Responsive Histidine Kinases Govern the Multicellular Destiny of Bacillus subtilis. MBio. 2015 Jul 7;6(4):e00581.

Belangrijkste nationale beurzen en subsidies

Opgenomen zijn de onderzoekssubsidies sinds 2000. De genoemde bedragen kwamen ter beschikking voor de onderzoeksgroep van professor Kuipers. In totaal werd meer dan 146 miljoen Euro verworven voor het onderzoek.

Subsidies van de (NWO)

• 2000-2001 — NWO Middelgroot DNA microarray equipment: printing and analyzing. €510k
• 2001-2005 — NWO-ALW To become competent or not: an inquiry into the molecular basis of bacterial differentiation. (publicatie) Hoofdonderzoeker €140k
• 2002-2006 — NWO-STW Origin of variability in stress resistance of bacterial spores. Mede hoofdonderzoeker €212k
• 2002-2006 NWO-CW Computational genomics of prokaryotes. Mede hoofdonderzoeker €171k
• 2003-2007 — NWO- ALW Secretome Dynamics. Hoofdonderzoeker €328k
• 2005-2008 — NWO-STW Enzymatic synthesis of thioether-ring-containing (poly) peptides for enhancing stability and modulating bioactivity. Hoofdonderzoeker €175k
• 2006-2010 — NWO-ALW Mechanism and substrate specificity of the dehydratase of the lantibiotic nisin. Hoofdonderzoeker €201k
• 2007-2011 — NWO-ALW The transition from growing to non-growing Bacillus subtilis cells. Hoofdonderzoeker €125k
• 2008-2011 — NWO-ALW Elucidation of the mechanism of lantibiotic biosynthesis. Hoofdonderzoeker €210k
• 2008-2012 — NWO-STW Optimizing growth rate and cell mass of lactic acid bacteria. Mede hoofdonderzoeker €226k
• 2009-2012 — NWO-EW The evolution of stochastic heterogeneous gene expression. Hoofdonderzoeker €198k
• 2009-2013 — NWO-STW Awakening the Sleeping Lantibiotics. Hoofdonderzoeker €262k
• 2009-2013 — NWO-STW Understanding preculture-dependent gene expression. Mede hoofdonderzoeker €227k
• 2009-2014 — NWO-STW Lipid engineering and modulation of proetein secerteion in Bacillus. Hoofdonderzoeker €311k
• 2011-2014 — NWO-ALW Purification of Peptide Antimicrobials and Thioether-Stabilized Molecules Produced In Vivo by Lantibiotic Modification Machineries. Hoofdonderzoeker €272k
• 2011-2015 — NWO-STW Molecular determinants of phenothtypic heterogeneity in Baccilus subtilis. Hoofdonderzoeker €500k
• 2012-2013 — NWO Middelgroot: Spinning Disc Fluorescence Microscope. Hoofdaanvrager €400k
• 2012-2016 — NWO-STW Lanthexpress. Co-PI €207k
• 2014-2016 — NWO-ALW Experimental evolution of bet-hedging strategies for spore formation in Bacillus subtilis. Hoofdonderzoekr €276k
• 2014-2019 — NWO-CW SynGenoPep. Mede hoofdonderzoeker €240k
• 2015 — NWO-CW Zilveren Zandloper Lanthiopharma Nieuwe Chemische Structuur Lantibiotica. Hoofdonderzoeker €19k
• 2015-2018 — NWO-STW Selection of micobial cells with increased product-yield for industrial fermentations. Mede hoofdonderzoeker €238k

Subsidies van de Nederlandse Overheid

• 2002-2006 — SenterNovem (Ministerie van Economische Zaken) Comparative and predictive transcriptome analysis of Gram-positive bacteria for enhanced food quality and food safety. Hoofdonderzoeker €846k
• 2004-2008 — SenterNovem (Ministerie van Economische Zaken) Streptococcus pneumoniae: Genomic array footprinting. Mede hoofdonderzoeker €621k
• 2005-2008 — SenterNovem (Ministerie van Economische Zaken) Metabolic engineering voor kostenefficiente productie van D(-) melkzuur, een grondstof voor het biologisch afbreekbare plastic polymelkzuur. Hoofdonderzoeker €322k
• 2011 — Simon Stevin Meesterschap (Wetenschaps- en techniekprijs STW, NWO, Nederland) €500k
• 2012-2014 — Samenwerkingsverband Noord Nederland (SNN) van de (Provincies Groningen, Friesland en Drenthe) LanthioPEP-RUG. Mede hoofdonderzoeker €104k
• 2014-2019 — Agentschap NL (Ministerie van Economische Zaken) BE-Basic: Natural transfer of DNA among lactic acid bacteria for improved starters. Hoofdonderzoeker €1027k

Netherlands Genomics Initiative (NGI)

• 2008-2013 — NGI Kluyver Centre: Experimental evolution of Lactococcus. Hoofdonderzoeker €337k
• 2009-2013 — NGI KCII 3.2.01 Regulation of N-metabolism in Bacillus. Hoofdonderzoeker €337k
• 2009-2013 — NGI KC Characterisation of cellular metabolism under zero-growth. Hoofdonderzoeker €337k

Stichting Top Instituut Food and Nutrition (TIFN)

• 2009-2011 — TIFN C-1056 Sporulation Bacillus cereus. Mede hoofdonderzoeker €283k
• 2011-2014 — TIFN SP002 Sporulation and germination of Bacilli. Mede hoofdonderzoeker €800k
• 2011-2014 — TIFN BG001. Mede hoofdonderzoeker €235k
• 2011-2015 — TIFN Modeling of Sporulation in industrial Bacilli. Mede hoofdonderzoeker €387k

Belangrijkste internationale beurzen en subsidies

• 2001-2004 — EU FP5 Nutra Cells, Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider, €242k
• 2001-2005 — EU FP5 Express Fingerprints Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider, €408k
• 2004-2008 — EU FP6 Bacell Health Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider, €224k
• 2004-2008 — EU FP6 Tat Machine. Mede hoofdonderzoeker €246k
• 2009-2012 — EU FP7 Pneumopath: core metabolism in Streptococcus pneumoniae. Mede hoofdonderzoeker €158k
• 2006-2010 — SYSMO1 Grant Bacillus subtilis Systems Biology. Transnational grant funded through NWO-ALW. Mede hoofdonderzoeker €180k
• 2010-2013 — SYSMO2 Grant Modelling carbon. Transnational grant funded through NWO-ALW. Mede hoofdonderzoeker €180k
• 2010-2013 — SYNMOD Grant (ESF Eurocores international project, 5 groups) funded through NWO- ALW. Hoofdonderzoeker €242k
• 2013-2017 — EU FP7 Bachberry. Mede hoofdonderzoeker €280k
• 2013-2017 — EU FP7 SynPeptide. Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider €1050k

Lidmaatschappen en commissies

Nederlandse lidmaatschappen en commissies

• 2015 — Jurylid voor de Leeuwenhoek Medaille, Koninklijke Nederlandse Vereniging voor Microbiologie (KNVM), Nederland
• 2015 — Lid van het organisatiecomité en de programmacommissie van het FEMS Congres 2015 in Maastricht
• 2013 — Programmacommissie JSTP Agriculture & Food: How to Feed the World?
• 2012-heden — Lid van de Wetenschappelijke Raad van de Koninklijke Nederlandse Vereniging voor Microbiologie (KNVM)
• 2011-heden — Gekozen lid van de Koninklijke Nederlandse Academie van Wetenschappen (KNAW)
• 2011-2014 — Managementteam, Kluyver Center for Genomics of Industrial Fermentation, Programma 3, Nederland
• 2010-2012 — Voorzitter Stichting Biotechnologie Nederland (SBN), Nederland
• 2009 — Voorzitter STW-NWO VENI Comité, Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO)
• 2008, '12, '15 — Lid van de Open Programma Commissie van NWO Aard- en Levenswetenschappen (NWO-ALW)
• 2006-2008 — Bestuursvoorzitter, NWO-ALW-Genetics
• 2006-2008 — Consultant, Purac, Gorinchem
• 2005 — Lid van het Rosalind Franklin selectiecomité, Rijksuniversiteit Groningen
• 2002-2007 — Consultant, BioMade, Nederland
• 2004 — Lid Beleidsadviescommissie, NWO-Thematisch programma, Nederland
• 2004-2006 — Voorzitter, Nederlandse Biotechnologische Vereniging (NBV, 1100 leden)
• 2003-2005 — Bestuurslid van NWO-ALW-Genetics
• 2003-2006 — Lid van de Beleidsadviescommissie van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek, Aard- en LevensWetenschappen (NWO-ALW)
• 2003-2004 — Vicevoorzitter, Dutch Biotechnology Society
• 2001-2008 — Lid beoordelingscomité van het Netherlands Genomics Initiative
• 2000-2004 — Lid van het NWO-ALW-Comité Apparatuur-Middelgroot en Groot
• 2000-2003 — Lid programmacomité Bioinformatica, NWO-ALW
• 2000 — Lid Adviescomité voor Politici in het Verenigd Koninkrijk, over de rol van het transcriptoom bij de beoordeling van de veiligheid van genetisch gemodificeerde organismen
• 1999-2003 — Bestuurslid van de European Federation of Biotechnology (EFB), werkgroep Toegepaste Genomics.

Buitenlandse lidmaatschappen en commissies

• 2015 — Gekozen bestuurslid van de European Academy of Microbiology (EAM)
• 2015 — Lid adviesraad van het Horizon 2020 EU Project over Clostridia (PI: Nigel Minton)
• 2015 — Jurylid voor de Lwoff Medaille van de Federation of European Microbiological Societies (FEMS)
• 2014, 2016 — Lid van het evaluatiepanel, ERC Starting Grants, Europese Commissie, Brussel, België
• 2014 — Lid van de beoordelingscommissie van het Centre de Biochimie Structurale de Montpellier (CBS), Frankrijk
• 2013 — Gekozen lid van de European Academy of Microbiology (EAM)
• 2013 — Bestuurslid voor de evaluatie van de afdeling Systems Biology, Technische Universiteit Denemarken (DTU), Kopenhagen, Denemarken
• 2012 — Lid van het evaluatieprogramma "Singe Cells", Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), München, Duitsland
• 2011, '12, '15 — Lid evaluatiecommissie van de Irish Research Council (Ierse Raad voor Onderzoek) IRCSET and SCI, Ierland
• 2011 — Voorzitter van de jury van iGEM 2011, Amsterdam
• 2010, 2015 — Lid evaluatiecommissie van de afdeling microbiologie van het Instituut Pasteur, Parijs, Frankrijk
• 2008 — Lid evaluatiecommissie van het Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) (Nationaal Spaans Onderzoeksinstituut), Madrid, Spain
• 2008 — Lid evaluatiecommissie van het Eesti Institute (Ests Instituut), Tallinn, Estland
• 2008 — Lid evaluatiecommissie van projecten van de Ierse Wetenschappelijke Raad (Irish Science Council), Cork, Ierland
• 2005 — Lid visitatiecommissie van het LMC Kopenhagen (Centre for Advanced Food Studies, een samenwerkingsverband van verschillende universiteiten en onderzoeksinstituten), Denemarken
• 2000 — Lid Adviescomité voor Politici in het Verenigd Koninkrijk, over de rol van het transcriptoom bij de beoordeling van de veiligheid van genetisch gemodificeerde organismen
• 1999-2003 — Bestuurslid van de European Federation of Biotechnology (EFB), werkgroep Toegepaste Genomics.

Lidmaatschap van redactiecommissies

• 2014-heden — Lid redactieraad, PLOS One
• 2014-heden — Lid redactieraad, FEMS Microbiology Reviews
• 2010 — Gastredacteur Food Biotechnology, Current Opinion in Biotechnology
• 2000-2009 — Redactieraad, FEMS Microbiology Letters
• 2005, 1999 — Gastredacteur, FEMS Microbiology Reviews
• 2007-heden — Lid redactieraad, Microbial Biotechnology
• 2007-heden — Lid redactieraad, Recent Patents in Biotechnology
• 2007-2010 — Lid redactie-adviesraad, Molecular Microbiology
• 1998-2002 — Lid redactieraad, Journal of Applied Microbiology

Lidmaatschap van professionele verenigingen

• Lid van de American Society for Microbiology (ASM)
• Lid van de Nederlandse Vereniging voor Biochemie en Moleculaire Biologie (NVBMB)
• Lid van de Koninklijke Vereniging van Microbiologie (KNVM)
• Bestuurslid van de Koninklijke Vereniging voor Medische Microbiologie (KVMM)
• Lid en voorheen voorzitter van de Nederlandse Vereniging voor Microbiologie (NBV)

Bronnen, noten en/of referenties

Bronnen, noten en/of referenties