Wikisage, de vrije encyclopedie van de tweede generatie, is digitaal erfgoed

Wikisage is op 1 na de grootste internet-encyclopedie in het Nederlands. Iedereen kan de hier verzamelde kennis gratis gebruiken, zonder storende advertenties. De Koninklijke Bibliotheek van Nederland heeft Wikisage in 2018 aangemerkt als digitaal erfgoed.

  • Wilt u meehelpen om Wikisage te laten groeien? Maak dan een account aan. U bent van harte welkom. Zie: Portaal:Gebruikers.
  • Bent u blij met Wikisage, of wilt u juist meer? Dan stellen we een bescheiden donatie om de kosten te bestrijden zeer op prijs. Zie: Portaal:Donaties.
rel=nofollow

Massive Parallel Sequencing

Uit Wikisage
Naar navigatie springen Naar zoeken springen

Massive parallel sequencing of massively parallel sequencing staat voor de verzameling high-throughputtechnieken voor het bepalen van een DNA-'lettervolgorde' ofwel DNA-sequencing; de term next-generation sequencing (NGS) is echter veel gebruikelijker. De eerste vorm van deze technologie onstond in de jaren 1994-1998[1][2][3][4][5] en kwamen vanaf 2005 commercieel beschikbaar. De versnelling komt voort uit miniaturisering en gelijktijdigheid van miljoenen processen (vandaar 'Massive' en 'Parallel'). Kenmerkend zijn de relatief korte lees-lengtes (50-150 bp) per instrument run. Sommige technieken apparaten genereren (veel) langere 'reads' i.e. lengtes, soms tot 450bp, altijd ten koste van het aantal reads en soms de kwaliteit.

NGS Platforms
Platform Template Preparation Chemistry Max Read length (bases) Run Times (days) Max Gb per Run
Roche 454 Clonal-emPCR Pyrosequencing 400‡ 0.42 0.40-0.60
GS FLX Titanium Clonal-emPCR Pyrosequencing 400‡ 0.42 0.035
Illumina MiSeq Clonal Bridge Amplification Reversible Dye Terminator 2x300 0.17-2.7 15
Illumina HiSeq Clonal Bridge Amplification Reversible Dye Terminator 2x150 0.3-11[6] 1000[7]
Illumina Genome Analyzer IIX Clonal Bridge Amplification Reversible Dye Terminator[8][9] 2x150 2-14 95
Life Technologies SOLiD4 Clonal-emPCR Oligonucleotide 8-mer Chained Ligation[10] 35-50 4-7 35-50
Life Technologies Ion Proton[11] Clonal-emPCR Native dNTPs, proton detection 200 0.5 100
Complete Genomics Gridded DNA-nanoballs Oligonucleotide 9-mer Unchained Ligation[12][13][14] 7x10 11 3000
Helicos Biosciences Heliscope Single Molecule Reversible Dye Terminator 35‡ 8 25
Oxford NanoPore Technologies Single Molecule Reversible Dye Terminator, non-fluorescent, NanoPore electrochemical detection 35-50.000 0.1-3 -
Pacific Biosciences SMRT Single Molecule Phospholinked Fluorescent Nucleotides 10,000 (N50); 30,000+ (max)[15] 0.08 0.5[16]

Bronnen, noten en/of referenties

Bronnen, noten en/of referenties
  1. º M. Ronaghi, S. Karamohamed, B. Pettersson, M. Uhlen, and P. Nyren (1996). Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release. Analytical Biochemistry 242 (1): 84–9 . PMID: 8923969. DOI: 10.1006/abio.1996.0432.
  2. º US Patent 5,641,658 Method for performing amplification of nucleic acid with two primers bound to a single solid support.
  3. º application WO1998044151A1, Laurent Farinelli, Eric Kawashima, Pascal Mayer, "Method of nucleic acid amplification", published 1998-10-08 
  4. º application WO1998044152A1, Laurent Farinelli, Eric Kawashima, Pascal Mayer, "Method of nucleic acid sequencing", published 1998-10-08 
  5. º P. Mayer et al., presented at the Fifth International Automation in Mapping and DNA Sequencing Conference, St. Louis, MO, USA. DNA colony massively parallel sequencing ams98 presentation A very large scale, high throughput and low cost DNA sequencing method based on a new 2-dimensional DNA auto-patterning process (October 7–10, 1998)
  6. º http://systems.illumina.com/systems/hiseq_2500_1500/performance_specifications.html
  7. º http://genomics.ed.ac.uk/blog/hiseq-v4-here-and-it-delivers
  8. º patent US7790869B2, Jingyue Ju, Zengmin Li, John Robert Edwards, Yasuhiro Itagaki, "Massive parallel method for decoding DNA and RNA", published 2010-09-07 
  9. º (Nov 6, 2008). Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. Nature 456 (7218): 53–9 . PMC: 2581791. DOI: 10.1038/nature07517.
  10. º (Sep 2009). Sequence and structural variation in a human genome uncovered by short-read, massively parallel ligation sequencing using two-base encoding. Genome Res 19 (9): 1527–41 . PMC: 2752135. DOI: 10.1101/gr.091868.109.
  11. º Ion Torrent Geraadpleegd op 1 Jan 2014
  12. º (2009). Human Genome Sequencing Using Unchained Base Reads on Self-assembling DNA Nanoarrays. Science 327 (5961): 78–81 . DOI: 10.1126/science.1181498.
  13. º Shendure J, Porreca GJ, Reppas NB, Lin X, McCutcheon JP, Rosenbaum AM, Wang MD, Zhang K, Mitra RD, Church GM (2005). Accurate Multiplex Polony Sequencing of an Evolved Bacterial Genome. Science 309 (5741): 1728–32 . DOI: 10.1126/science.1117389.
  14. º (2012). Accurate whole genome sequencing and haplotyping from 10-20 human cells. Nature 487 (7406): 190–195 . DOI: 10.1038/nature11236.
  15. º Pacific Biosciences Introduces New Chemistry With Longer Read Lengths to Detect Novel Features in DNA Sequence and Advance Genome Studies of Large Organisms
  16. º Lex Nederbragt. De novo bacterial genome assembly: a solved problem?
rel=nofollow

Q6784807 op Wikidata  Intertaalkoppelingen via Wikidata (via reasonator)

rel=nofollow
rel=nofollow
Overgenomen van "https://nl.wikisage.org/w/index.php?title=Massive_Parallel_Sequencing&oldid=196158"