Wikisage is op 1 na de grootste internet-encyclopedie in het Nederlands. Iedereen kan de hier verzamelde kennis gratis gebruiken, zonder storende advertenties. De Koninklijke Bibliotheek van Nederland heeft Wikisage in 2018 aangemerkt als digitaal erfgoed.
- Wilt u meehelpen om Wikisage te laten groeien? Maak dan een account aan. U bent van harte welkom. Zie: Portaal:Gebruikers.
- Bent u blij met Wikisage, of wilt u juist meer? Dan stellen we een bescheiden donatie om de kosten te bestrijden zeer op prijs. Zie: Portaal:Donaties.
Oscar Kuipers
| Oscar Kuipers | ||
| ||
| Persoonlijke gegevens | ||
| Volledige naam | Oscar Paul Kuipers | |
| Geboortedatum | 12 mei 1956 | |
| Geboorteplaats | Rotterdam | |
| Nationaliteit |  Nederland
| |
| Werkzaamheden | ||
| Vakgebied | Moleculaire genetica | |
| Universiteit | Rijksuniversiteit Groningen | |
| Promotor | Prof. Dr. G.H. de Haas | |
| Beroep | Hoogleraar | |
| Bekende werken | Probing the mechanism of pancreatic phospholipase A2 by protein engineering | |
| Overig | ||
| Website | ||
Oscar Paul Kuipers (Rotterdam, 12 mei 1956) is een Nederlands hoogleraar Moleculaire genetica aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG). Tot zijn vakgebieden rekent hij onder meer Microbiologie, Biochemie & Moleculaire biologie en Biotechnologie. Hij gaf op uitnodiging ruim 180 keer een gastcollege op internationale congressen of buitenlandse universiteiten. Oscar Kuipers is lid van de American Society for Microbiology (ASM), van de Nederlandse Vereniging voor Biochemie en Moleculaire Biologie (NVBMB), van de Koninklijke Vereniging van Microbiologie (KNVM), bestuurslid van de Koninklijke Vereniging voor Medische Microbiologie (KVMM) en lid en voorheen voorzitter van de Nederlandse Vereniging voor Microbiologie (NBV)
Studie en loopbaan
- Kuipers studeerde in 1986 af in de biologie aan de Universiteit Utrecht.
- In 1988 verkreeg Kuipers een EMBO Fellowship om gedurende drie maanden bij Dr. J. Gallay aan de Universiteit Parijs-Zuid in Orsay (Parijs) de time-resolved Fluorescentie te bestuderen. Time-resolved Fluorescentie is het bestuderen van dynamische processen in materialen of chemische verbindingen door middel van spectroscopische technieken. (EMBO is een organisatie van meer dan 1700 toonaangevende onderzoekers die excellentie bevordert in de levenswetenschappen. De belangrijkste doelstellingen van de organisatie ter ondersteuning van getalenteerde onderzoekers in alle stadia van hun loopbaan is het stimuleren van de uitwisseling van wetenschappelijke informatie en het helpen bouwen van een Europese onderzoeksomgeving waarin wetenschappers kunnen excelleren.)
- In 1990 promoveerde Kuipers aan de Rijksuniversiteit Groningen in de biochemie met het proefschrift Probing the mechanism of pancreatic phospholipase A2 by protein engineering.[1]
- Van 1990 tot 1997 werkte hij als projectleider moleculaire genetica op de afdeling Biofysische Chemie van NIZO food research, een contractresearchcentrum in Ede.
- Van 1997 tot 1999 was hij hoofd genetica en onderzoeksleider van de sectie Microbial Ingredients van hetzelfde bedrijf.
- In 1998 ontving Kuipers een SHELL-fellowship om colleges te geven in de Verenigde Staten bij Prof. Mahendra Jain (Newark), Prof. Michael Gelb (Seattle) en Prof. Yang (San Francisco) en op een conferentie over Time Resolved Fluorescentie.
- Vanaf 1999 is Kuipers hoogleraar en hoofd van de ‘Molecular Genetics of Prokaryotes’ groep van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) van de Rijksuniversiteit Groningen.[2]
Administratieve en Management functies
- In het verleden was Kuipers lid van het oprichtingscommittee van het Groningen Genomics Centre van de Rijksuniversiteit Groningen (1999 - 2000), lid van de Raad van bestuur van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnolgy Institute (GBB) (1999-2007) en voorzitter van het Genetics Cluster van de Rijksuniversiteit Groningen (2000-2007).
- 2011-heden — Lid van de wetenschappelijke adviesraad van het LOEWE Instituut voor Synthetische Microbiologie (Synmikro) in Marburg (Duitsland)[3]
- 2013-heden — Vertrouwenspersoon Wetenschappelijke Integriteit, Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen, Rijksuniversiteit Groningen[4]
- 2015-heden — Voorzitter en medeoprichter van het Centre for Sustainable Antimicrobials (CeSAM) van de Rijksuniversiteit Groningen
- 2015-heden — Mede hoofdonderzoeker, Centre for Antimicrobial Research (CARES). Voorzitter: Prof. Gilles van Wezel.
Onderzoek
In het onderzoek van Kuipers en zijn onderzoeksgroep worden fundamenteel onderzoek en biotechnologische concepten veelvuldig gecombineerd. Kuipers heeft inmiddels samen met zijn onderzoeksgroep 19 patenten op zijn naam staan en begeleidde inmiddels meer dan 21 postdoc fellows en 35 PhD-studenten bij hun promotieonderzoek. Op dit moment (oktober 2015) begeleidt hij 22 promovendi en 7 postdocs.
Belangrijk onderwerp van onderzoek is het bestuderen van de genetica en fysiologie van bacteriën. Zo wordt onder andere de celdifferentiatie van bacteriën onderzocht. Bacteriën kunnen tijdens hun groei verschillende eigenschappen ontwikkelen, terwijl hun genoom hetzelfde blijft. Kuipers: 'Inzichten uit ons onderzoek kunnen we toepassen, bijvoorbeeld voor het verbeteren van de eiwitproductie in industriële fermentaties'.[5] Een ander belangrijk onderwerp is het modificeren van peptiden. Deze gemodificeerde peptiden, gemaakt door bacteriën, kunnen onder meer dienen als antibioticum. Gemodificeerde peptiden zijn chemisch stabieler en behouden langer hun functie. Dat is gunstig voor medische toepassingen. Verdere aandachtsgebieden zijn de moleculaire biologie van: competentieontwikkeling, sporulatie en bistabiliteit in Bacteria subtilis, de reconstructie van gennetwerken, antimicrobiële peptiden, m.n. lantibiotica, pathogenese mechanismen, celwand verankering, gecontroleerde genexpressiesystemen, de subcellulaire lokalisatie van eiwitten, stress respons, quorum sensing, regulering van de C- en N-metabolisme en biotechnologische toepassingen.
Onderzoek door studenten
Vanaf 2008 is Kuipers supervisor, coach en coördinator van het iGEM-studententeam Groningen[6]. iGEM is een wereldwijde competitie op het gebied van de Synthetische Biologie tussen studenten-teams uit de hele wereld. Het team uit Groningen behaalde, in de jaarlijks in Boston (VS) georganiseerd internationale wedstrijd, gouden medailles in 2008[7], 2009 (tevens finalist)[8], 2010[9], 2011[10][11], 2012 (tevens wereldkampioen)[12][13], 2013[14] en (2014)[15]. Ook in 2015 werd opnieuw een gouden medaille gewonnen[16] door het studententeam van de Rijksuniversiteit Groningen met het project Blue energy. Het team ontwikkelde een revolutionair membraan op basis van bacteriën voor het opwekken van blauwe energie, elektriciteit gemaakt op basis van de 'botsing' tussen zout en zoet water.[17] In 2012 toen het team uit Groningen wereldkampioen werd betrof het een onderzoek naar een alternatieve methode om vast te stellen of voedsel bedorven is: de Food warden. Deze methode maakt gebruik van een genetisch gemanipuleerde bacterie die op de vluchtige stoffen van bedervend vlees reageert. Het bederf wordt zichtbaar gemaakt door een pigment.
Onderzoek met de industrie
Kuipers en zijn groep voerden een aantal keren onderzoek uit voor industriële bedrijven zoals: Corbion (2014-2017 Hoofdonderzoeker €530k, Purac (2010-2013, Hoofdonderzoeker €420k), DSM Bakery Ingredients B.V. (2004 - 2007, hoofdonderzoeker €640k, Frico + DSM (2001-2005, meerdere partners, hoofdonderzoeker €554k), Intervet International B.V. (2000-2006, hoofdonderzoeker €433k).
Publicaties
Prof. dr. O.P. Kuipers werkte mee aan ruim 385 publicaties (365 artikelen in wetenschappelijke tijdschriften, 2 boeken en 18 hoofdstukken in boeken), waarvan 34 publicaties in 2015 verschenen.[18] Kuipers artikelen zijn inmiddels meer dan 22.148 keer geciteerd en hij heeft een H-index van 75 en een i10 index van 270.[19] Dit betekent dat 75 van zijn artikelen minstens 75 keer zijn geciteerd en dat 270 artikelen meer dan 10 keer zijn geciteerd. Een kleine selectie:
- Kuipers, O.P., Thunnissen M.M.G.M., de Geus P., Dijkstra B.W., Drenth J., Verheij, H.M., de Haas G.H. (1989) Enhanced activity and altered specificity of phospholipase A2 by deletion of a surface loop. Science 244, 82-85.
- Thunnissen, M.M.G.M., AB, E., Kalk, K.H., Drenth, J., Dijkstra, B.W., Kuipers, O.P., Dijkman, R., de Haas, G.H. & Verheij, H.M. (1990) X-ray structure of phospholipase A2 complexed with a substrate-derived inhibitor. Nature 347, 689-691.
- Kuipers, O.P., Boot, H.J. & de Vos, W.M. (1991) Improved site-directed mutagenesis method using PCR. Nucleic Acids Research 19 (16), 4558.
- Kuipers, O.P., Rollema, H.S., Yap, W.M.G.J., Boot, H.J., Siezen, R.J. & de Vos, W.M. (1992) Engineering dehydrated amino acid residues in the antimicrobial peptide nisin. Journal of Biological Chemistry 267, 24340-24346.
- Kuipers, O.P., Beerthuyzen, M.M., de Ruyter, P.G.G.A., Luesink, E.J. & de Vos, W.M. (1995) Autoregulation of nisin biosynthesis in Lactococcus lactis by signal transduction. Journal of Biological Chemistry 270, 27299-27304.
Belangrijkste nationale beurzen en subsidies
Opgenomen zijn de onderzoekssubsidies sinds 2000. De genoemde bedragen kwamen ter beschikking voor de onderzoeksgroep van professor Kuipers. In totaal werd meer dan 146 miljoen Euro verworven voor het onderzoek.
Het Netherlands Genomics Initiative (NGI) financierde tussen 2008 en 2013 drie onderzoeksprojecten voor een totaal bedrag van ruim 1 miljoen euro: Experimental evolution of Lactococcus. (€337k), Regulation of N-metabolism in Bacillus (€337k) en Characterisation of cellular metabolism under zero-growth (€337k).
Tussen 2009 en 2015 werden door de Stichting Top Instituut Food and Nutrition (TIFN) vier onderzoeksprojecten gefinancierd voor een totaal bedrag van €1.705.000 (Sporulation Bacillus cereus., €283k, Sporulation and germination of Bacilli., €800k, TIFN BG001, €235k, Modeling of Sporulation in industrial Bacilli., €387k)
Van NWO ontving de groep van Kuipers tussen 2000 en 2015 in totaal bijna 5,5 miljoen euro voor de volgende onderzoeksprojecten: 'DNA microarray equipment: printing and analyzing. (€510k), To become competent or not: an inquiry into the molecular basis of bacterial differentiation. (€140k)[20], Origin of variability in stress resistance of bacterial spores. (€212k)[21], Computational genomics of prokaryotes. (€171k) [22], Secretome Dynamics. (€328k)[23], Enzymatic synthesis of thioether-ring-containing (poly) peptides for enhancing stability and modulating bioactivity. (€175k)[24], Mechanism and substrate specificity of the dehydratase of the lantibiotic nisin. (€201k), The transition from growing to non-growing Bacillus subtilis cells. (€125k)[25], Elucidation of the mechanism of lantibiotic biosynthesis. (€210k)[26],Optimizing growth rate and cell mass of lactic acid bacteria (€226k)[27], The evolution of stochastic heterogeneous gene expression. (€198k), Awakening the Sleeping Lantibiotics. (€262k)[28], Understanding preculture-dependent gene expression. (€227k), Lipid engineering and modulation of proetein secerteion in Bacillus. (€311k)[29], Purification of Peptide Antimicrobials and Thioether-Stabilized Molecules Produced In Vivo by Lantibiotic Modification Machineries. (€272k)[30], Molecular determinants of phenothtypic heterogeneity in Baccilus subtilis. (€500k)[31], Spinning Disc Fluorescence Microscope. (€400k), Lanthexpress. (€207k), Experimental evolution of bet-hedging strategies for spore formation in Bacillus subtilis. (€276k)[32], SynGenoPep. (€240k), Zilveren Zandloper Lanthiopharma Nieuwe Chemische Structuur Lantibiotica. (€19k), Selection of micobial cells with increased product-yield for industrial fermentations. (€238k).
Van de Nederlandse overheid ontving de groep tussen 2002 en 2014 voor haar onderzoek ruim 3,4 miljoen euro. SenterNovem (Ministerie van Economische Zaken) financierde de projecten: Comparative and predictive transcriptome analysis of Gram-positive bacteria for enhanced food quality and food safety. (€846k), Streptococcus pneumoniae: Genomic array footprinting. (€621k) en Metabolic engineering voor kostenefficiente productie van D(-) melkzuur, een grondstof voor het biologisch afbreekbare plastic polymelkzuur (€322k). Van de Wetenschaps- en techniekprijs van STW werd het Simon Stevin Meesterschap ter waarde van €500k ontvangen[33], van het Samenwerkingsverband Noord Nederland (SNN) van de (Provincies Groningen, Friesland en Drenthe) voor LanthioPEP-RUG. €104k en van het Agentschap NL (Ministerie van Economische Zaken) voor BE-Basic: Natural transfer of DNA among lactic acid bacteria for improved starters een bedrag van €1027k.
Belangrijkste internationale beurzen en subsidies
- 2001-2004 — EU FP5 Nutra Cells, Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider, €242k
- 2001-2005 — EU FP5 Express Fingerprints Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider, €408k
- 2004-2008 — EU FP6 Bacell Health Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider, €224k
- 2004-2008 — EU FP6 Tat Machine. Mede hoofdonderzoeker €246k
- 2009-2012 — EU FP7 Pneumopath: core metabolism in Streptococcus pneumoniae. Mede hoofdonderzoeker €158k
- 2006-2010 — SYSMO1 Grant Bacillus subtilis Systems Biology. Transnational grant funded through NWO-ALW. Mede hoofdonderzoeker €180k
- 2010-2013 — SYSMO2 Grant Modelling carbon. Transnational grant funded through NWO-ALW. Mede hoofdonderzoeker €180k
- 2010-2013 — SYNMOD Grant (ESF Eurocores international project, 5 groups) funded through NWO- ALW. Hoofdonderzoeker €242k
- 2013-2017 — EU FP7 Bachberry. Mede hoofdonderzoeker €280k
- 2013-2017 — EU FP7 SynPeptide. Mede hoofdonderzoeker en werkpakket leider €1050k
Lidmaatschappen en commissies
Nederlandse lidmaatschappen en commissies
- 2015 — Jurylid voor de Leeuwenhoek Medaille, Koninklijke Nederlandse Vereniging voor Microbiologie (KNVM), Nederland
- 2015 — Lid van het organisatiecomité en de programmacommissie van het FEMS Congres 2015 in Maastricht[34]
- 2013 — Programmacommissie JSTP Agriculture & Food: How to Feed the World?[35]
- 2012-heden — Lid van de Wetenschappelijke Raad van de Koninklijke Nederlandse Vereniging voor Microbiologie (KNVM)[36][37]
- 2011-heden — Gekozen lid van de Koninklijke Nederlandse Academie van Wetenschappen (KNAW)[38]
- 2011-2014 — Managementteam, Kluyver Center for Genomics of Industrial Fermentation, Programma 3, Nederland
- 2010-2012 — Voorzitter Stichting Biotechnologie Nederland (SBN), Nederland
- 2009 — Voorzitter STW-NWO VENI Comité, Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO)
- 2008, '12, '15 — Lid van de Open Programma Commissie van NWO Aard- en Levenswetenschappen (NWO-ALW)
- 2006-2008 — Bestuursvoorzitter, NWO-ALW-Genetics
- 2006-2008 — Consultant, Purac, Gorinchem
- 2005 — Lid van het Rosalind Franklin selectiecomité, Rijksuniversiteit Groningen
- 2002-2007 — Consultant, BioMade, Nederland
- 2004 — Lid Beleidsadviescommissie, NWO-Thematisch programma, Nederland
- 2004-2006 — Voorzitter, Nederlandse Biotechnologische Vereniging (NBV, 1100 leden)
- 2003-2005 — Bestuurslid van NWO-ALW-Genetics
- 2003-2006 — Lid van de Beleidsadviescommissie van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek, Aard- en LevensWetenschappen (NWO-ALW)
- 2003-2004 — Vicevoorzitter, Dutch Biotechnology Society
- 2001-2008 — Lid beoordelingscomité van het Netherlands Genomics Initiative
- 2000-2004 — Lid van het NWO-ALW-Comité Apparatuur-Middelgroot en Groot
- 2000-2003 — Lid programmacomité Bioinformatica, NWO-ALW
- 2000 — Lid Adviescomité voor Politici in het Verenigd Koninkrijk, over de rol van het transcriptoom bij de beoordeling van de veiligheid van genetisch gemodificeerde organismen
- 1999-2003 — Bestuurslid van de European Federation of Biotechnology (EFB), werkgroep Toegepaste Genomics.
Buitenlandse lidmaatschappen en commissies
- 2015 — Gekozen bestuurslid van de European Academy of Microbiology (EAM)
- 2015 — Lid adviesraad van het Horizon 2020 EU Project over Clostridia (PI: Nigel Minton)
- 2015 — Jurylid voor de Lwoff Medaille van de Federation of European Microbiological Societies (FEMS)[39]
- 2014, 2016 — Lid van het evaluatiepanel, ERC Starting Grants, Europese Commissie, Brussel, België
- 2014 — Lid van de beoordelingscommissie van het Centre de Biochimie Structurale de Montpellier (CBS), Frankrijk
- 2013 — Gekozen lid van de European Academy of Microbiology (EAM)[40]
- 2013 — Bestuurslid voor de evaluatie van de afdeling Systems Biology, Technische Universiteit Denemarken (DTU), Kopenhagen, Denemarken
- 2012 — Lid van het evaluatieprogramma "Singe Cells", Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), München, Duitsland
- 2011, '12, '15 — Lid evaluatiecommissie van de Irish Research Council (Ierse Raad voor Onderzoek) IRCSET and SCI, Ierland
- 2011 — Voorzitter van de jury van iGEM 2011, Amsterdam
- 2010, 2015 — Lid evaluatiecommissie van de afdeling microbiologie van het Instituut Pasteur, Parijs, Frankrijk
- 2008 — Lid evaluatiecommissie van het Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) (Nationaal Spaans Onderzoeksinstituut), Madrid, Spain
- 2008 — Lid evaluatiecommissie van het Eesti Institute (Ests Instituut), Tallinn, Estland
- 2008 — Lid evaluatiecommissie van projecten van de Ierse Wetenschappelijke Raad (Irish Science Council), Cork, Ierland
- 2005 — Lid visitatiecommissie van het LMC Kopenhagen (Centre for Advanced Food Studies, een samenwerkingsverband van verschillende universiteiten en onderzoeksinstituten), Denemarken
- 2000 — Lid Adviescomité voor Politici in het Verenigd Koninkrijk, over de rol van het transcriptoom bij de beoordeling van de veiligheid van genetisch gemodificeerde organismen
- 1999-2003 — Bestuurslid van de European Federation of Biotechnology (EFB), werkgroep Toegepaste Genomics.
Lidmaatschap van redactiecommissies
- 2014-heden — Lid redactieraad, PLOS One[41]
- 2014-heden — Lid redactieraad, FEMS Microbiology Reviews
- 2010 — Gastredacteur Food Biotechnology, Current Opinion in Biotechnology
- 2000-2009 — Redactieraad, FEMS Microbiology Letters
- 2005, 1999 — Gastredacteur, FEMS Microbiology Reviews
- 2007-heden — Lid redactieraad, Microbial Biotechnology[42]
- 2007-heden — Lid redactieraad, Recent Patents in Biotechnology
- 2007-2010 — Lid redactie-adviesraad, Molecular Microbiology
- 1998-2002 — Lid redactieraad, Journal of Applied Microbiology
