Lijst van afleveringen van The X-Files

Dit is een lijst met afleveringen van de Amerikaanse televisieserie The X-Files. De serie telt 9 seizoenen.

Seizoen 1

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
0	Pilot	10 september 1993	Agent Dana Scully wordt ingeschakeld om samen te gaan werken met Agent Fox Mulder om werk te doen naar het paranormale. Hun eerste zaak samen zijn een aantal ontvoeringen door buitenaardse wezens. Een comateuze jongen, Billy Miles, brengt zijn vrienden naar de bossen waarna ze allemaal sterven door een mysterieus wit licht.
1	Deep Throat	17 september 1993	Mulder & Scully gaan naar Idaho om de verdwijning van een militaire test-piloot te onderzoeken. Ze doen onderzoek naar de militaire basis, waardoor Mulder denkt dit te maken te kan hebben met een regeringscomplot. Mulder gaat stiekem naar de militaire basis en ziet iets wat lijkt op een ufo, maar wordt opgepakt en zijn geheugen wordt gewist.
2	Squeeze	24 september 1993	Mulder en Scully onderzoeken een aantal moorden waar er geen enkele mogelijkheid bij is dat de moordenaar is ontsnapt. Eugene Victor Tooms, een normale conciërge, wordt door Mulder verdacht een mutant te zijn die zijn slachtoffers maakt om zijn leven te verlengen.
3	Conduit	1 oktober 1993	Terwijl Sectie Chef Scott Blevins het werk van de X-files in twijfel trekt, raakt Mulder in obsessie met een zaak dat dicht bij zijn ervaring komt toen hij nog een kind was. Hierbij gaat het om de alien-ontvoering van Mulders zusje Samantha.
4	The Jersey Devil	8 oktober 1993	De moord op een dakloze man leidt naar een andere moord op precies dezelfde wijze die is gepleegd in 1947. Mulder en Scully vermoeden dat het monster The Jersey Devil ermee te maken heeft, die rondhangt in de bossen van Atlantic City.
5	Shadows	22 oktober 1993	Wanneer een onzichtbare kracht meerdere moorden pleegt is de enige getuige een jonge vrouw. Mulder verdenkt dat de geest van haar oude werknemer de dader is die de vrouw probeert te beschermen. Ook deze theorie leidt tot de ontdekking of die dode werknemer nou vermoord is of zelfmoord heeft gepleegd.
6	Ghost in the Machine	29 oktober 1993	Een computer met kunstmatige intelligentie begint te moorden om te blijven werken voor een grote wolkenkrabber. Mulder en Scully onderzoeken de zaak.
7	Ice	5 november 1993	Wanneer een onderzoeksteam op mysterieuze elkaar vermoord, gaan Mulder en Scully samen met een groep wetenschappers naar de plaats delict midden in het ijs. Hier ontdekken ze een mysterieus wormachtig organisme dat een menselijk wezen infecteert en symptomen toont van paranoia en kwaadaardigheid. Is iemand binnen de groep de moordenaar?
8	Space	12 november 1993	Een mysterieuze onzichtbare kracht saboteert een ruimtevaart. De verdachte is onmiddellijk de commandant van het team, die blijkbaar ooit een soort buitenaards wezen heeft gezien op Mars. Is dit buitenaardse wezen hem misschien gevolgd? Mulder en Scully doen onderzoek en vooral Mulder betrekt zich veel met het onderzoek.
9	Fallen Angel	19 november 1993	Mulder zet de X-files op het spel wanneer hij zich went tot een militaire ufo-neerstorting. Helaas wordt hij opgepakt en gevangengezet. In de gevangenis ontmoet hij Max Fening, een ufo-freak. Ze raken bevriend en hoewel Scully hem raad geeft om terug te keren naar Washington, blijft hij hier. Hij wil meer weten over Max Fening...
10	Eve	10 december 1993	Wanneer twee vaders, die niks met elkaar te maken hebben, op gruwelijke wijze worden vermoord en hun dochter als getuige, ontdekken Mulder en Scully dat de twee meisjes als een spat op elkaar lijken. Totdat ze worden ontvoerd tijdens het onderzoek. Heeft de zaak iets te maken rondom een experiment binnen de regering?
11	Fire	17 december 1993	Mulder, Scully en Mulders ex-vriendin doen onderzoek naar een aantal brandstichtingen op een aantal zeer bekende mannen uit Groot-Brittannië. Mulder zal zijn angst voor vuur moeten overwinnen wanneer hij ontdekt dat hij te maken heeft met een gestoorde pyromaan.
12	Beyond the Sea	7 januari 1994	Een ter dood veroordeelde seriemoordenaar Luther Lee Boggs claimt dat hij helderziend is, en wil alleen Mulder spreken die denkt dat hij hem zal begrijpen. Ondertussen moet Scully haar gevoelens aan de kant zetten nadat haar vader is overleden, maar waarom heeft Boggs zo'n mysterieus helderziend effect op Scully?
13	Gender Bender	21 januari 1994	Een aantal seksuele moorden blijkt te maken te hebben met een moordenaar die van geslacht kan veranderen. Het onderzoek leidt Mulder en Scully naar een soort van Amish sekte.
14	Lazarus	4 februari 1994	Wanneer FBI agent Jack Willes en een bankovervaller Warren Dupre op hetzelfde moment worden neergeschoten, overleeft Willes de schietpartij en Dupre sterft. Maar waarom gedraagt Willes zich zo vreemd? Is hij bezeten door een geest van Dupre?
15	Young at Heart	11 februari 1994	Een psychotische crimineel van Mulders verleden keert terug en wil wraak nemen op Mulder. Zijn naam is John Barnett en blijkbaar is hij een deel geweest van een medisch experiment. Mulder moet zien te voorkomen dat hij zoete wraak zal plegen.
16	E.B.E.	18 februari 1994	Mulder en Scully ontvangen informatie van hun informant Deep Throat over een ufo die was neergeknald in Irak. Blijkbaar is deze ufo overgebracht naar Amerika. Maar spreekt Deep Throat zelf wel de waarheid?
17	Miracle Man	18 maart 1994	Mulder en Scully gaan naar Tennessee om onderzoek te doen naar een jongen die mensen kon genezen, door ze aan te raken, van allerlei ziektes. Maar waarom sterven mensen plotseling kort na hun genezing?
18	Shapes	1 april 1994	Mulder en Scully reizen naar een indianenreservaat om een brutale moordzaak te onderzoeken die blijkbaar in verband wordt gebracht met de eerste X-file aller tijden: lykantropie.
19	Darkness Falls	15 april 1994	Mulder en Scully gaan naar een nationaal woud in Washington wanneer een groep onderzoekers vermist raakt. Hun onderzoek leidt naar groene en kleine moordende vuurvliegjes.
20	Tooms	22 april 1994	Eugene Victor Tooms wordt vrijgelaten uit de gevangenis vanwege zijn misdaden (van de aflevering Squeeze) en hij zal nog één moord moeten plegen om de laatste lever te krijgen die hem weer dertig jaar in leven houdt. Mulder en Scully gaan de strijd aan tegen de klok om te voorkomen dat hij nog een slachtoffer maakt en ontsnapt...
21	Born Again	29 april 1994	Wanneer een rechercheur en zijn voormalig collega overlijden door mysterieuze omstandigheden, leidt het onderzoek naar een jong meisje dat op alle twee de plaatsen delict aanwezig was. Is zij de sleutel tot de oplossing?
22	Roland	6 mei 1994	Agent Mulder en Scully onderzoeken een aantal moorden op wetenschappers die één voor één op mysterieuze wijze zijn gestorven. De enige verdachte is de mentaal gehandicapte conciërge genaamd Ronald.
23	The Erlenmeyer Flask	13 mei 1994	Een simpele auto-achtervolging leidt Mulder en Scully naar een wetenschappelijk geheim waar ze gemeenschappelijke bewijzen vinden die kunnen leiden tot de ontdekking van een complot binnen de regering.

Seizoen 2

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	Little Green Men	16 september 1994	De X-files zijn gesloten, en Mulder begint twijfels te trekken in zijn paranormale geloof. Maar wanneer een politicus hem een nieuwe reden geeft om te geloven in de paranormale waarheid, reist hij naar Puerto Rico. Hier doet hij de ontdekking van mogelijk nieuwe paranormale verschijnselen. Scully gaat hem echter achterna.
2	The Host	23 september 1994	Wanneer de resten van een lichaam worden gevonden in het riool, wordt Mulder ingeschakeld om het vuile werk op te knappen. Dan doet Scully autopsie waardoor ze ontdekt dat er een parasiet in het lijk leeft. Dan wordt een riool-werker door iets aangevallen en gebeten. Heeft dit met de zaak te maken?
3	Blood	30 september 1994	Wanneer mysterieuze waanbeelden ervoor zorgen dat mensen agressief worden, wordt Mulder ingeschakeld om de zaak te onderzoeken.
4	Sleepless	7 oktober 1994	Door toeval raakt Mulder geïnteresseerd in een zaak waarbij een slachtoffer wordt gedood door een blijkbare brand, hoewel die er helemaal niet blijkt te zijn. Hij was een wetenschapper. Wat heeft deze zaak te maken met een mysterieuze oorlog? Ondertussen krijgt Mulder een nieuwe partner, Alex Krycek.
5	Duane Barry	14 oktober 1994	Een ex-FBI-agent ontsnapt uit een kliniek voor gestoorden en houdt iedereen in gijzeling. Mulder en Krycek helpen een speciaal team wanneer blijkt dat de man meerdere keren is ontvoerd door buitenaardse wezens.
6	Ascension	21 oktober 1994	Mulder gaat onmiddellijk naar Scully's huis wanneer blijkt dat ze ontvoerd is door Duane Barry. Barry houdt Scully in gijzeling en wil haar aan de buitenaardse wezens geven.
7	3	4 november 1994	Skinner heropent de X-files, maar Mulder worstelt met zijn gevoelens door Scully's ontvoering. Maar dan moet hij een zaak onderzoeken die blijkbaar is gepleegd door de Trinity moordenaars, een groep die een zwak heeft voor het drinken van bloed.
8	One Breath	11 november 1994	Scully wordt op mysterieuze wijze gevonden in een ziekenhuis, blijkbaar in coma. Mulder worstelt om niet persoonlijk af te rekenen met de daders. Helaas is er geen enkele verklaring voor haar ontvoering...
9	Firewalker	18 november 1994	De ontdekking van een mysterieuze nooit geziene worm in grotten leidt ertoe dat Mulder en Scully een onderzoek starten. Dan wordt er iemand gedood. Mulder en Scully reizen af naar The Cascades om volgende slachtoffers te voorkomen.
10	Red Museum	9 december 1994	Een aantal Wisconsin tieners worden naakt gevonden op een vroege ochtend met de woorden "he is one" op hun rug gekerfd. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en verdenkingen een sekte met een mysterieuze haat voor vlees.
11	Excelsis Dei	16 december 1994	Mulder en Scully onderzoeken een onzichtbare verkrachting in een bejaardenhuis. Al snel ontdekken Mulder en Scully dat er niet alleen "oudjes" leven in het bejaardenhuis...
12	Aubrey	6 januari 1995	Een rechercheur vindt de resten van een FBI-agent die verdween in 1940 en al snel wordt de zaak in verband gelegd met een moderne zaak. Mulder en Scully geloven dat de moordenaar van vroeger misschien te maken heeft met een verband tussen zijn kleinkind.
13	Irresistible	13 januari 1995	In Minneapolis worden lichaamsdelen van doden in een begraafplaats verwijderd. Mulder en Scully geloven dat de zaak verbonden is met "cattle-mulitation". Mulder weet zeker dat het gaat om een X-file en dat de dader een zwak heeft voor jonge vrouwen.
14	Die Hand die verletzt	27 januari 1995	In New Hampshire doen tieners een mysterieus ritueel om een moord te voorspellen. Kort daarna wordt één van hen op mysterieuze wijze vermoord. Al snel ontdekken de agenten dat de tieners uit een katholieke school komen.
15	Fresh Bones	3 februari 1995	Een marinier rijdt zichzelf tegen een boom nadat hij demonische hallucinaties had. Op de boom is een voodoo-teken te zien. Wanneer een zelfde marinier op die wijze blijkt te zijn overleden, gelooft Mulder dat dit geen toeval is.
16	Colony	10 februari 1995	Op het begin, wordt een bevroren Mulder naar het ziekenhuis gebracht. Twee weken daarvoor werd een ufo gevonden in de Beaufort Sea. De piloot overleefd het en begint artsen van een abortus-kliniek te vermoorden die als een spat op elkaar lijken.
17	End Game	17 februari 1995	Een Alien Bounty Hunter ontvoert Scully en wil haar geven in ruil voor Mulders zusje, Samantha. Skinner helpt Mulder om de ruil plaats te vinden en de bounty hunter uit te schakelen.
18	Fearful Symmetry	24 februari 1995	De dood van een federale constructie werker lijkt te maken te hebben met een mysterieuze onzichtbare olifant. Het onderzoek van Mulder en Scully leidt naar een dierentuin waar nog nooit een geboorte heeft plaatsgevonden.
19	Død Kalm	10 maart 1995	Mulder en Scully zijn geschokt wanneer een groep schippers op mysterieuze wijze zijn verouderd in een paar dagen. Hun onderzoek leidt tot dat ze zelf besmet raken.
20	Humbug	31 maart 1995	Mulder en Scully onderzoeken een aantal rituele moorden met geen enkele sporen. De laatste was de zogenoemde "Alligator-Man" en hun onderzoek leidt naar een gestoorde groep mensen die hun eigen circus hebben.
21	The Calusari	14 april 1995	De dood van een twee-jarig jongetje in een trein-ongeluk wordt door Mulder gedacht een mysterieuze kracht te zijn. Wanneer er nog een sterfgeval plaatsvindt in hetzelfde gezin, gaat de Roemeense oma van het gezin haar gelovige vrienden vragen om te helpen om het huis te bevrijden van het kwaad.
22	F. Emasculata	28 april 1995	Wanneer een aantal mensen in de gevangenis sterven aan een mysterieuze ziekte, probeert Scully de oorzaak te vinden, terwijl Mulder probeert te voorkomen dat de ziekte zich gaat verspreiden.
23	Soft Light	5 mei 1995	Een ex-medisch student van Scully probeert haar eerste onderzoek te verrichten op een aantal verdwijningen met heel weinig aanwijzingen. Scully en Mulder helpen de zaak te onderzoeken. Mulder denkt spontane zelfontbranding, maar dan ontdekken ze een man genaamd Dr. Chester Banton die bang is van zijn eigen schaduw.
24	Our Town	12 mei 1995	In Dudley, Arkansas gaan Mulder en Scully op zoek naar een vermiste inspecteur die is verdwenen in de donkere bossen. Wanneer er opnieuw zoiets gebeurd, ontdekken Mulder en Scully het bestaan van een mysterieuze stam die zijn wat ze eten.
25	Anasazi	19 mei 1995	Scully vertrouwt Mulder niet wanneer hij zich vreemd gedraagt. Dan blijkt dat hij een dossier van Defensie heeft gekraakt met alle informatie van buitenaards leven. Maar al snel begint de regering een onderzoek te verrichten naar Mulder.

Seizoen 3

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	The Blessing Way	22 september 1995	The Cigarette Smoking Man probeert alle gestolen computer-bestanden te heroveren, maar wordt geconfronteerd door een man van wie hij dacht dat hij dood was. Scully worstelt met haar eigen gevoelens voor Mulder die vermist is en waarschijnlijk dood is, totdat ze een visioen over hem heeft.
2	Paper Clip	29 september 1995	Mulder en Scully doorzoeken een mysterieuze foto van de samenzwering van de Syndicate, waar Mulders vader bij betrokken was. Hun onderzoek leidt naar Strughold Mining Facility waar een mysterieus geheim wacht om ontrafeld te worden...
3	D.P.O.	6 oktober 1995	Mulder en Scully doorzoeken het vijfde slachtoffer dat gedood is door bliksem in Oklahoma. Hun onderzoek leidt naar een jongen die een donderslag heeft overleefd. Wat als hij daar iets aan heeft overgehouden, zoals telepathische krachten?
4	Clyde Bruckman's Final Repose	13 oktober 1995	Een helderziende helpt Mulder en Scully om een moord te onderzoeken op een voorspeller. De helderziende vermoedt, via zijn instinct, dat de dader een moordende gek is die zelf denkt dat hij helderziend is.
5	The List	20 oktober 1995	Een ter dood veroordeelde gevangene maakt een belofte voor zijn executie dat hij vijf personen, waarschijnlijk bewakers, zal vermoorden na zijn dood. Dit lijken loze woorden, totdat er inderdaad sterfgevallen plaatsvinden. Mulder en Scully doen een onderzoek naar de zaak, Mulder gelooft namelijk het mysterieuze verhaal.
6	2Shy	3 november 1995	De agenten onderzoeken de dood van een aantal dikke vrouwen die online hebben gechat met een mysterieuze man. Mulder en Scully vermoeden dat het gaat om een seriemoordenaar, maar het vreemdste is de chemische substantie op de slachtoffers.
7	The Walk	10 november 1995	Wanneer er opnieuw een gefaalde zelfmoordpoging plaatsvindt door een patiënt in een militaire revalideer-centrum vermoedt Mulder dat het gaat om een 'phantom-soldier'. Totdat er een nieuw slachtoffer wordt gekozen...
8	Oubliette	17 november 1995	Er wordt een meisje ontvoerd en Mulder ziet zich gedwongen een andere vrouw bij de zaak te betrekken die alles voelt wat er met het slachtoffer gebeurt. Zij is eens ontvoerd door dezelfde kidnapper.
9	Nisei	24 november 1995	Een pakketje met een videoband over de autopsie van een buitenaards wezen komt bij Mulder terecht. Hun onderzoek leidt naar een Japanse diplomatie. Scully ontmoet ondertussen een groep vrouwen die worden ontvoerd door buitenaardse wezens en samen een pact hebben gesloten.
10	731	1 december 1995	Mulder zit op een trein met een tikkende bom aan boord samen met een mysterieuze NSA-agent.
11	Revelations	15 december 1995	Mulder en Scully onderzoeken een aantal religieuze moorden. Alle slachtoffers hadden een mysterieuze stigmata gekregen wat een zeer mysterieus geloof is. Scully raakt persoonlijk betrokken wanneer ze een jongetje moet beschermen, die het volgende slachtoffer kan zijn...
12	War of the Coprophages	5 januari 1996	Een klein dorpje krijgt een mysterieuze plaag van sterfgevallen die onder de kakkerlakken zitten. Wanneer Mulder ontdekt dat de kakkerlakken lichamen van metaal hebben, gaat zijn onderzoek zich verdenkingen op een getalenteerde bacteriënexpert.
13	Syzygy	26 januari 1996	Mulder en Scully onderzoeken een aantal bijzondere moorden, gepleegd in New Hampshire, waarbij zich een mysterieuze vermenging van krachten voordoet.
14	Grotesque	2 februari 1996	Mulder en Scully werken samen met Mulders ex-mentor wanneer ze een seriemoordenaar ontdekken die claimt bezeten te zijn geweest door een demonische kracht. De zaak neemt een onverwachte wending wanneer er opnieuw moorden plaatsvinden en de dader in de gevangenis zit. Mulder raakt echter meer betrokken dan Scully vermoedde...
15	Piper Maru	9 februari 1996	Wanneer een Frans schip plotseling alle schippers radioactief ziek maken, doen Mulder en Scully onderzoek. Het onderzoek leidt naar een oude bekende en al snel lijkt Skinner zijn leven bedreigd te zijn.
16	Apocrypha	16 februari 1996	Mulder gaat verder met zijn onderzoek naar de bizarre ziekte, maar al snel ontdekt hij dat dit al een rol speelde tijdens de Tweede Wereldoorlog. Skinner herstelt van een schietpartij, en Scully ontdekt dat de man die haar zus vermoordde haar misschien nu ook dood wil hebben...
17	Pusher	23 februari 1996	Agent Mulder en Scully worden ingeschakeld om de zaak van een man te onderzoeken die ervoor kan zorgen dat mensen doen wat hij wil. De verdachte gebruikt zijn machtige mogelijkheden om Mulder te draven in een gevaarlijk spelletje.
18	Teso dos Bichos	8 maart 1996	Een aantal moorden vinden snel plaats nadat een artefact naar Boston is gebracht die oorspronkelijk begraven lag in Ecuador. Scully verdenkt dat de zaak te maken heeft met politici terrorisme, maar Mulder vermoedt dat er iets heel anders gaande is.
19	Hell Money	29 maart 1996	Een aantal mysterieuze sterfgevallen van Chinese immigranten leidt Mulder en Scully naar een Chinatown in San Francisco. Ze ontdekken snel dat de zaak te maken heeft met het verkoop van organen.
20	Jose Chung's 'From Outer Space'	12 april 1996	Wanneer twee verliefde tieners beweren ontvoerd te zijn door buitenaardse wezens, proberen Mulder en Scully proberen de waarheid te ontdekken, maar allebei lijken ze een verschillend verhaal te hebben. Ondertussen schrijft Jose Chung, één van Scully's favoriete schrijvers, een boek over de mysterieuze zaak.
21	Avatar	26 april 1996	Het zijn moeilijke tijden voor Skinner, hij gaat scheiden van zijn vrouw. Wanneer plotseling zijn onenightstand overlijdt wanneer hij een nachtmerrie heeft over een oude vrouw, wil Skinner zelf afrekenen met de mysterieuze zaak.
22	Quagmire	3 mei 1996	Wanneer een aantal moorden plaatsvinden in een meer in een klein dorpje, worden Mulder en Scully ingeschakeld. Het volk van het dorp denkt dat het gaat om een zeemonster en nu moeten Mulder en Scully bewijzen wat er zich werkelijk bevindt in de gevaarlijke wateren.
23	Wetwired	10 mei 1996	Als de agenten een aantal moorden onderzoeken waarvan de oorzaak mysterieuze beelden zijn, wordt Scully's vertrouwen in Mulder op de proef gesteld.
24	Talitha Cumi	17 mei 1996	Agent Mulder en Scully zijn op zoek naar een man met vreemde krachten, hierdoor wordt een stukje van Mulders verleden aan het licht gebracht. Het geheim kan mogelijk de ware waarheid vertellen over het bestaan van buitenaardse verschijnselen.

Seizoen 4

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	Herrenvolk	4 oktober 1996	Mulder en Jeremiah Smith worden achtervolgd door een Alien Bounty Hunter. Smith neemt Mulder mee naar een boerderij waar hij klonen vindt van zijn zusje, Samantha.
2	Home	11 oktober 1996	In een klein dorpje waar het rustig is, wordt een dode baby gevonden met geboorte-defecten. Het onderzoek leidt naar een groep mutanten.
3	Teliko	18 oktober 1996	Mulder en Scully onderzoeken de mysterieuze dood van Afrikaanse mensen wier huid op raadselachtige wijze wit is geworden. Komt dit door een ziekte of een vloek?
4	Unruhe	27 oktober 1996	Agenten Mulder en Scully onderzoeken een aantal bizarre ontvoeringen met als enige aanwijzingen een foto kort voor de ontvoering. Maar wanneer Scully het volgende slachtoffer wordt, neemt Mulder ernstige maatregelen.
5	The Field Where I Died	3 november 1996	FBI-agent Mulder is op zoek naar een informant binnen een sekte en leidt Scully en hem naar de vrouw van de sekteleider. Al snel ontdekken ze een mysterieus verband tussen de vrouw.
6	Sanguinarium	10 november 1996	Bizarre moorden in een plastisch chirurgie kliniek leidt er toe dat Mulder en Scully een mysterieuze kracht verdenken.
7	Musings of a Cigarette Smoking Man	17 november 1996	Deze aflevering gaat over de geschiedenis van The Cigarette Smoking Man. Mulder, Scully en Byers ontmoeten Frohike waar ze informatie ontdekken over het echte leven van de zogenoemde Cancerman.
8	Tunguska	24 november 1996	Een diplomatische koerier die dodelijke substantie vervoert, leidt Mulder en Scully in een web van intrigerende bewijzen. Hierdoor reist Mulder naar Rusland.
9	Terma	1 december 1996	Terwijl Mulder en Krycek vastzitten in een Russische goelag, zitten Scully en Skinner in een hoorzitting van de Senaat.
10	Paper Hearts	15 december 1996	Mulder raakt geobsedeerd door een seriemoordenaar die kinderen destijds vermoordde en papieren hartjes uitknipte. Mulder vermoedt dat dit mogelijk de oplossing is van de ontvoering van Samantha.
11	El Mundo Gira	12 januari 1997	Dodelijke regen in een werk-migranten kamp leidt Mulder en Scully naar een legendarisch monster genaamd El Chupacabra.
12	Leonard Betts	26 januari 1997	De verdwijning van het lichaam van een man in het mortuarium leidt Mulder en Scully naar de mysterieuze omstandigheden rondom de dood van de man. Maar voor Scully zal het een gruwelijke ontdekking zijn.
13	Never Again	2 februari 1997	Scully ontmoet Mr. Wrong, wiens tatoeage hem niet wil delen - en zeker niet met Scully.
14	Memento Mori	9 februari 1997	Bang voor Scully's gezondheid zendt Mulder om opnieuw onderzoek te doen naar haar ontvoering door buitenaardse wezens twee jaar daarvoor. Ondertussen neemt Scully ook een aantal zeer veranderende beslissingen over haar ziekte.
15	Kaddish	16 februari 1997	Een moord binnen een Joodse communie leidt tot de dood van de moordenaars, waardoor Mulder en Scully vermoeden dat er grotere waarheden betrokken zijn met de zaak.
16	Unrequited	23 februari 1997	De mysterieuze moord van een zeer bekende militair leidt ertoe dat Mulder en Scully op zoek gaan naar een krachtige, onzichtbare en onstopbare moordenaar.
17	Tempus Fugit	16 maart 1997	Tijdens Scully's verjaardag, leert Mulder over de dood van Max Fenig in een vliegtuig-ongeluk. Hij denkt namelijk dat de oorzaak te maken te heeft met buitenaardse activiteiten.
18	Max	23 maart 1997	Het onderzoek naar Fenigs dood leidt Mulder en Scully naar een ufo-crash. Ze ontdekken dat de militairen zich ermee bemoeien, die de waarheid over het incident in de doofpot willen stoppen.
19	Synchrony	13 april 1997	Mulder en Scully onderzoeken een moord met een mysterieus tintje - een oudere man voorspelde dood tegen de getuige van het voorgeval.
20	Small Potatoes	20 april 1997	Mulder en Scully onderzoeken vijf baby's die zijn geboren met een staart. Al snel ontdekken Mulder en Scully een verdachte die een geboren sukkel is en bijna niet te identificeren is.
21	Zero Sum	27 april 1997	Agent Mulder begint een onderzoek naar een moord die veel te maken heeft met A.D. Skinner. Ondertussen neemt ook Skinner drastische beslissingen om Scully te redden van de kanker die in Scully's lichaam zit.
22	Elegy	4 mei 1997	Mulder en Scully onderzoeken een aantal moorden waarbij getuigen de geesten nog eventjes zien van de slachtoffers voor hun dood. Het onderzoek leidt naar een instituut voor mentaal gehandicapte mensen. Ondertussen neemt Scully ook confrontatie met haar eigen sterfelijkheid.
23	Demons	11 mei 1997	Scully is bezorgd over Mulder wanneer hij lijdt aan geheugenverlies tijdens een onderzoek - en de enige verdachte is in een dubbele moordzaak.
24	Gethsemane	18 mei 1997	Onderzoekers in het noorden van Canada onderzoeken bewijs wat mogelijk kan leiden tot de ontdekking over buitenaards leven, maar zelfs Mulder is sceptisch totdat mensen van de regering ervoor beginnen te moorden, wat er toe leidt dat de agenten een schokkende conclusie moeten trekken.

Seizoen 5

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	Redux	2 november 1997	Scully helpt Mulder om zijn dood in scène te zetten, maar wordt zeer onder druk gezet; Skinner wordt gedacht de mol te zijn binnen de FBI; en Mulder breekt in bij het Departement Van Defensie om Scully te redden, maar wordt ook geconfronteerd met de ware waarheid over zijn buitenaardse geloof.
2	Redux II	9 november 1997	Terwijl Scully op haar sterfbed ligt, maakt The Cigarette Smoking Man een belangrijke beslissing om Mulder te helpen. Maar wanneer alles eindigt in een climax, ontdekt Mulder dat niet alles bij elkaar past.
3	Unusual Suspects	16 november 1997	Twee verkopers en een federale werknemer werken samen wanneer ze Susanne Modeski ontmoeten, een vrouw die claimt mishandeld te zijn door ex-vriendje, Mulder.
4	Detour	23 november 1997	Op weg naar een FBI-vergadering, komen Mulder en Scully vast in de bossen, waar een gruwelijk monster zich schuilhoudt.
5	The Post-Modern Prometheus	30 november 1997	Deze aflevering is gefilmd in zwart-en-wit, Mulder en Scully krijgen een brief van een alleenstaande moeder wat hen leidt naar een Westerns stadje, waar een moderne Frankensteins Monster zich schuilhoudt, Jerry Springer is een obsessie, en Cher speelt een belangrijke rol.
6	Christmas Carol	7 december 1997	Tijdens de vakantie, wordt Scully geplaagd door dromen met een aanwijzing over een dode moeder haar dochtertje.
7	Emily	14 december 1997	Terwijl Scully vecht om haar dochtertje Emily te beschermen, ontdekt Mulder de ware aard.
8	Kitsunegari	4 januari 1998	Wanneer Robert 'Pusher' Modell ontsnapt uit de gevangenis, moeten Mulder en Scully hem in een race tegen de klok zien te vinden voordat hij wraak neemt op zijn favoriete doelwit - Agent Mulder.
9	Schizogeny	11 januari 1998	Wanneer tiener beschuldigd wordt voor de moord op zijn vader, worden Mulder en Scully er zeker van dat er iets veel duisters binnen de zaak betrokken is.
10	Chinga	8 februari 1998	Scully gaat op vakantie naar Maine, waar ze een bizarre zaak plotseling onderzoekt waar de slachtoffers blijkbaar zelf inflicte wonden heeft, blijkbaar door de mysterieuze beheksing van de pop van een eng meisje.
11	Kill Switch	15 februari 1998	Hoewel Scully sceptisch is, onderzoeken de agenten de moord op een computer genie, maar ze worden het slachtoffer van een heel erg onlogische machine met de meest martelachtige mogelijkheden.
12	Bad Blood	22 februari 1998	Terwijl ze mysterieuze moorden onderzoeken in Texas, schiet Mulder een jongen dood waarvan hij dat een vampier te zijn. Wanneer ze voorbereiden op een gesprek met Skinner, moeten ze hun verhalen over de zaak vastleggen.
13	Patient X	1 maart 1998	Scully raakt bevriend met Cassandra Spender, een vrouw die beweert ontvoerd te worden door buitenaardse wezens. Terwijl Mulders geloof in een aliencomplot in twijfel trekt, onderzoekt hij persoonlijke dreigingen tegen de FBI.
14	The Red and the Black	8 maart 1998	Met Cassandra Spender, en haar zoon Jeffrey die boosaardig zijn weg naar de top bij de FBI wil bereiken, zet Mulder Scully onder hypnose om de waarheid te ontdekken. Ondertussen doet het Syndicate een proef voor hun alien vaccin tegen de zwarte olie.
15	Travelers	29 maart 1998	In 1990, bereikte een bizarre moord Agent Mulder een ex-FBI-agent die vroeger X-files probeerde te onderzoeken en een zaak onderzocht - waar Mulders vader bij betrokken was.
16	Mind's Eye	19 april 1998	Agent Mulder en Scully onderzoeken een moord die blijkbaar gepleegd is door een blinde vrouw, maar Mulder gelooft dat haar betrokkenheid met de zaak niet is dat het lijkt dat het is.
17	All Souls	26 april 1998	De onverklaarbare dood van een gehandicapt meisje zorgt ervoor dat priester Vader McCue hulp vraagt aan Scully om het mysterie te onderzoeken dat ze niet kan begrijpen.
18	The Pine Bluff Variant	3 mei 1998	Scully begint Mulder te verdacht te vinden, wiens vreemd gedrag misschien suggereert dat hij misschien een geheime agenda heeft.
19	Folie a Deux	10 mei 1998	Mulder en Scully vinden een man die denkt dat zijn baas een monster is - en hij zal er alles aan doen om dit te bewijzen.
20	The End	17 mei 1998	De X-Files afdeling doet onderzoek naar de moord op een schaakspeler en een wonderkind dat alles weet over de X-files.

The X-files Movie: Fight The Future.

The X Files: Fight The Future (19 juni, 1998) De film vindt plaats tussen het vijfde seizoen en het zesde seizoen. Terwijl de X-files zijn gesloten, houden Mulder en Scully zich bezig met een terroristische dreiging. Maar wanneer een gebouw van de regering wordt vernietigd, wordt Mulder aangesproken door een mysterieuze dokter die beweert dat niet alleen de bom de dreiging is. Het onderzoek van Mulder en Scully leidt naar een aantal geheimen van de regering en de ware redenen tussen de alien kolonisten en de Syndicate.

Seizoen 6

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	The Beginning	8 november 1998	Mulder en Scully keren terug van Antarctica waar ze ontdekken dat hun verhaal niet wordt geloofd en dat Jeffrey Spender en Diana Fowley de X-files, die weer zijn geopend, hebben overgenomen. Ze gaan vervolgens naar de woestijn van Arizona om op zoek te gaan naar een mysterieus wezen.
2	Drive	15 november 1998	Mulder wordt in zijn auto gegijzeld door een vreemde man, terwijl Scully erachter probeert te komen of hij lijdt aan een ziekte. Wordt Mulder het volgende slachtoffer van een virus van de regering?
3	Triangle	22 november 1998	Wanneer Mulder een vliegreis maakt, ontdekt hij dat alle passagiers nog steeds vast zitten in een alternatief verleden.
4	Dreamland	29 november 1998	Een anonieme tip leidt Mulder en Scully naar een ufo-crash en de vindingen kunnen het leven van de agenten mogelijk persoonlijk veranderen.
5	Dreamland II	6 december 1998	Scully probeert te ontdekken wat er zo vreemd is aan Mulder, terwijl Mulder een race tegen de klok aan gaat om zijn normale leven terug te krijgen.
6	How the Ghosts Stole Christmas	13 december 1998	Mulder & Scully komen vast te zitten in een verlaten huis en krijgen te maken met twee bejaarde geesten.
7	Terms of Endearment	3 januari 1999	Mulder en Scully proberen onderzoek te doen naar een vrouw wiens ongeboren baby op mysterieuze wijze is verwijderd, terwijl de verdenkingen uiteindelijk meer over gaan naar de vader van het kind, die een demon is.
8	The Rain King	10 januari 1999	Mulder en Scully reizen af om de ware geruchten te ontdekken over een man die controle heeft over het weer.
9	S.R. 819	17 januari 1999	FBI baas Walter Skinner wordt vergiftigd. Hij heeft nog maar 24 uur te leven en Mulder en Scully moeten uitzoeken wie hem dood wil en waarom.
10	Tithonus	24 januari 1999	Scully krijgt enorme promotie bij de FBI en wordt ingeschakeld om een mysterieuze fotograaf te onderzoeken die aanwezig is op verschillende plaats delicten voordat de slachtoffers sterven.
11	Two Fathers	7 februari 1999	Wanneer Cassandra Spender terugkeert, dreigt het complot rondom buitenaardse activiteiten bloot te leggen, terwijl de Syndicate een aantal beslissingen neemt.
12	One Son	14 februari 1999	Wanneer Cassandra de buitenaardse waarheid bekent, moet Mulder op onderzoek uitgaan om uit te zoeken wat de The Cigarette Smoking Man met zijn zoon Jeffrey Spender van plan is.
13	Agua Mala	21 februari 1999	Mulder en Scully worden om hulp gevraagd door ex-FBI agent Arthur Dales om de mysterieuze verdwijning van een familie op te lossen.
14	Monday	28 februari 1999	Mulder en Scully keren keer op keer terug in de tijd met een bank-overval, totdat ze de echte waarheid achter de zaak ontrafelen.
15	Arcadia	7 maart 1999	Mulder en Scully gaan undercover als een getrouwd koppel om een aantal verdwijningen te onderzoeken in een mysterieuze straat waar niets is dat het lijkt dat het is.
16	Alpha	28 maart 1999	Een hond wordt beschuldigd van een aantal moorden, maar is hij of zijn zoeker verantwoordelijk?
17	Trevor	11 april 1999	Een tornado verwoest een gevangenis kamp en een van de gevangenen wordt beschuldigd voor de dood van een bewaker. Mulder en Scully doen een grondig onderzoek.
18	Milagro	18 april 1999	Slachtoffers worden gevonden met hun hart verwijderd, en Mulder en Scully gaan op onderzoek uit om de zaak op te lossen. De verdenkingen gaan uit naar een prominent schrijver die boeken maakt over de moorden.
19	The Unnatural	25 april 1999	Arthur Dales vertelt Mulder zijn ervaring met een honkbalspeler uit 1947 die eigenlijk een alien was.
20	Three of a Kind	2 mei 1999	The Lone Gunmen gaat naar Las Vegas om onderzoek te doen naar Susanne Modeski die daar is gesignaleerd.
21	Field Trip	9 mei 1999	Er worden resten van lichamen gevonden en er wordt een nieuw organisme ontdekt in een grot.
22	Biogenesis	16 mei 1999	Er wordt een artefact gevonden aan de kust van Afrika. Skinner wordt gedwongen de zaak te laten rusten en het artefact lijkt een verwoestend effect te hebben op Mulder.

Seizoen 7

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	The Sixth Extinction	7 november 1999	Walter Skinner en Michael Kritchgau proberen uit te zoeken wat er aan de hand is met Mulder, die blijkbaar hele hoge hersenactiviteit heeft. Ondertussen gaat Scully naar de Ivoorkust om onderzoek te doen naar het artefact.
2	The Sixth Extinction II: Amor Fati	14 november 1999	Mulder lijdt nog steeds aan de mysterieuze hersenaandoening, en The Cigarette Smoking Man neemt hem mee naar een plek waar al zijn problemen zijn verdwenen. Scully probeert hem zo snel mogelijk te vinden.
3	Hungry	21 november 1999	In een unieke episode verteld via het oogpunt van het 'monster', wordt een werknemer bij een fastfoodrestaurant de hoofdverdachte in een FBI-onderzoek. Het slachtoffer werd gevonden met een gat in het voorhoofd en hersens verwijderd.
4	Millennium	28 november 1999	Een agent van de Millenium Group gelooft dat de apocalypse in 2000 zal plaatsvinden, brengt mensen terug van de dood en Mulder en Scully werken samen met Frank Black, van de groep om de zaak op te lossen.
5	Rush	5 december 1999	Een student wordt beschuldigd voor de moord op een politieagent, en het onderzoek leidt naar een groep jongens die een mysterieuze snelheid hebben ontdekt.
6	The Goldberg Variation	12 december 1999	Henry Weems overleeft een val van een groot gebouw, en blijkt de grootste man met geluk te zijn. Maar heeft de rest wel zo'n geluk?
7	Orison	9 januari 2000	Donnie Pfaster ontsnapt uit de gevangenis en plant een wraakactie op Scully.
8	The Amazing Maleeni	16 januari 2000	Wanneer de bekende goochelaar The Amazing Maleeni de grootste truc van allen presenteert, doen Mulder en Scully een ontdekking over de ware aard van illusies.
9	Signs & Wonders	23 januari 2000	Mulder en Scully onderzoeken moorden die zijn gepleegd door slangen en het onderzoek leidt naar een mysterieuze kerk met een ongewoon grof geloof.
10	Sein und Zeit	6 februari 2000	Een aantal verdwijningen van kinderen leidt tot een laatste zoektocht voor Mulder naar zijn zus, Samantha, die ontvoerd is door aliens.
11	Closure	13 februari 2000	Mulder en een helderziende werken samen om Samantha en de man zijn zoon te vinden, die beiden op mysterieuze wijze zijn verdwenen, maar Scully is bang dat Mulder opnieuw zijn zus niet zal vinden.
12	X-Cops	20 februari 2000	Een normale uitzending van de serie COPS leidt ertoe dat Mulder en Scully zich betrekken met een uitzending wanneer er een monster ergens in een buurt bevindt die zijn prooi probeert te vangen met angst.
13	First Person Shooter	27 februari 2000	Mulder moet de virtuele wereld binnenkomen om een vrouwelijk personage te confronteren die betrokken is met een aantal virtuele moorden.
14	Theef	12 maart 2000	Een prominente dokter vindt zijn schoonvader dood met de woorden 'theef' op de muur geschreven en Mulder vermoedt dat de man zijn familie wordt geteisterd door gruwelijke krachten van voodoo.
15	En Ami	19 maart 2000	Er vindt een wonder plaats... een jongetje met kanker geneest, en toch heeft hij geen enkele operatie doorstaan, en The Cigarette Smoking Man doet Scully een aanbod.
16	Chimera	2 april 2000	Een vrouw raakt vermist en eerder die dag is een mysterieuze kraai gesignaleerd. Maar Mulder gelooft dat het te maken heeft met een mysterieuze kwijl van de onderwereld. Ondertussen houdt Scully zich bezig met een andere zaak.
17	All Things	9 april 2000	Scully ontmoet een oude vriend van de medische school wat tot andere gebeurtenissen leidt, terwijl Mulder afwezig is.
18	Brand X	16 april 2000	Wanneer Skinner een man beschermt die de Morley tabakfabriek gaat aanklagen, sterft hij op brute wijze. Het onderzoek leidt naar een nieuwe sigaret die mogelijk dodelijk is.
19	Hollywood A.D.	30 april 2000	Wanneer Mulder en Scully onderzoek doen naar een mysterieuze kerk, wordt er een film gemaakt over de zaak van de X-files, maar wel met wat aanpassingen.
20	Fight Club	7 mei 2000	Mulder en Scully krijgen te maken met een paar van dubbelgangers met gevolgen. Ze komen echter snel voor een raadsel te staan bij de zaak.
21	Je Souhaite	14 mei 2000	Mulder en Scully krijgen te maken met een vrouwelijke djinn, die iedereen drie wensen aanbiedt. De wensen gaan echter altijd mis.
22	Requiem	21 mei 2000	Mulder en Scully keren terug naar hun eerste onderzoek samen wanneer er opnieuw ontvoeringen plaatsvinden. Dit keer wordt het spel echter anders gespeeld...

Seizoen 8

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	Within	5 november 2000	De FBI begint een zoektocht naar Agent Mulder, die ontvoerd is door de aliens. Scully en Skinner krijgen echter al snel te maken met de FBI-agent, John Doggett.
2	Without	12 november 2000	De zoektocht naar Mulder leidt naar de Arizona woestijn waar ze kennis maken met Gibson Praise, maar Doggett heeft niks in de gaten over de Alien Bounty Hunter die ze in de gaten houden.
3	Patience	19 november 2000	Doggett wordt op de X-files gezet, en samen met Scully onderzoekt hij een aantal moorden waarbij de technieken niks herkenbaar zijn.
4	Roadrunners	26 november 2000	Wanneer Scully alleen werkt, treft ze een sekte aan die een mysterieuze parasiet aanschoudt.
5	Invocation	3 december 2000	Een jongetje dat vroeger vermist is geraakt komt terug, maar alleen is hij geen dag ouder geworden. Doggett heeft wel in de gaten dat het jongetje niet is dat hij lijkt dat hij is.
6	Redrum	10 december 2000	Een oude vriend van Doggett wordt wakker in de gevangenis en zal zijn onschuld moeten bewijzen. Maar de dagen gaan niet verder, maar gaan terug...
7	Via Negativa	17 december 2000	Doggett en Skinner onderzoeken de mysterieuze moorden van een religieuze sekteleider, terwijl Scully afwezig is.
8	Surekill	7 januari 2001	Een man wordt doodgeschoten in een politiecel en het onderzoek leidt naar twee broers met krachten die alles ontkennen.
9	Salvage	14 januari 2001	Een man komt terug uit de dood, maar wanneer ze ontdekken dat de man van metaal is, is de man niet dat hij zegt dat hij is.
10	Badlaa	21 januari 2001	Een mystic smokkelt zichzelf uit India, maar al snel begint zijn moordende zoektocht twee families te bedreigen, terwijl Scully de gelovige manier van Mulder probeert uit te voeren tijdens het onderzoek.
11	The Gift	4 februari 2001	Doggett ontdekt een zaak die Mulder van Scully verborgen hield: een zogenoemde zielen-eter, die mogelijk informatie kan lekken over Mulders alien-ontvoering.
12	Medusa	11 februari 2001	Doggett en een SWAT-team gaan op onderzoek uit onder de grond om een antwoord te krijgen op moordzaken in de Boston voetgangerstunnel.
13	Per Manum	18 februari 2001	Scully's baby is in gevaar wanneer vrouwen steeds meer alienbaby's baren, kan ze haar eigen baby zelf redden?
14	This Is Not Happening	25 februari 2001	Doggett stelt de rest voor aan Agent Monica Reyes om onderzoek te doen naar een ufo. Totdat Mulder blijkbaar mogelijk dood is aangetroffen...
15	Deadalive	1 april 2001	Drie maanden na Mulders begrafenis, wordt Billy Miles levend teruggevonden, waardoor ze het lichaam van Mulder opgraven. Zal hij nog leven?
16	Three Words	8 april 2001	Mulder doet onderzoek naar een persoon die Het Witte Huis wilde waarschuwen, hij moet echter zijn onderzoek geheimhouden omdat hij niet meer mag werken voor de X-files afdeling.
17	Empedocles	22 april 2001	Een duivelse zaak wordt plotseling in verband gebracht met de dood van Doggetts zoon, Mulder en Reyes werken samen aan het onderzoek.
18	Vienen	29 april 2001	Mulder reist stiekem met Doggett naar een olieplatform waar mysterieuze gebeurtenissen plaatsvinden, snel wordt duidelijk dat alle werknemers besmet zijn met de zwarte olie...
19	Alone	6 mei 2001	Mulder wordt ontslagen en Scully neemt tijdelijk ontslag vanwege haar baby, waardoor Doggett en Mulders assistente vast worden gehouden door een mysterieuze insect soort monster.
20	Essence	13 mei 2001	Wanneer Mulder vermoedt dat Scully's baby in gevaar is, helpt Reyes haar beschermen. Ondertussen nemen Skinner, Mulder en Doggett het op tegen de super-soldiers.
21	Existence	20 mei 2001	Hoewel zelfs Reyes' bescherming Scully's baby niet kan redden, moet Reyes een keuze maken. Ondertussen ontdekken Mulder, Skinner en Doggett een complot binnen de FBI.

Seizoen 9

Nr.	Titel aflevering	Uitzenddatum VS	Omschrijving
1	Nothing Important Happened Today	11 november 2001	Mulder beseft dat zijn aanwezigheid Scully en haar baby William in gevaar kan brengen en duikt onder. Ondertussen begint Doggett zijn onderzoek naar de FBI.
2	Nothing Important Happened Today II	18 november 2001	Doggett ontmoet Shannon McMahon, die een Super-Soldier is, dit leidt naar een mysterieuze doorbraak in de zaak.
3	Dæmonicus	2 december 2001	Doggett en Reyes onderzoeken samen hun eerste x-file - een aantal satanische rituele moorden.
4	4-D	9 december 2001	Doggett wordt neergeschoten in een mysterieuze schietpartij, en Agent Follmer ontdekt dat Reyes de schutter was.
5	Lord of the Flies	16 december 2001	Een tiener overlijdt tijdens een show, en Doggetts onderzoek leidt naar een schokkend familiegeheim.
6	Trust No 1	6 januari 2002	Wanneer een vreemde man informatie geeft over Mulders locatie, treft Scully haar zelf in de handen om met Mulder te herenigen.
7	John Doe	13 januari 2002	Doggett wordt wakker in een smerig motel in Mexico. Het probleem is dat hij niet weet hoe hij daar terechtgekomen is. Terwijl Doggett zijn geheugen terug probeert te krijgen, proberen Reyes en Scully hem te vinden.
8	Hellbound	27 januari 2002	Doggett en Reyes doorzoeken de dood van een man die levend is gevild. Reyes krijgt echter mysterieuze visioenen over gevilde slachtoffers en neemt Scully in vertrouwen.
9	Provenance	3 maart 2002	De FBI houdt een mysterieuze paranormale zaak geheim voor de X-files, ondertussen ontdekt Scully een serieuze dreiging tegen William.
10	Providence	10 maart 2002	Skinner en Follmer staan verbaasd, terwijl Scully er alles aan probeert te doen om haar baby, William te redden en ze schakelt The Lone Gunmen in om hem te beschermen.
11	Audrey Pauley	17 maart 2002	Reyes raakt zwaar gewond bij een auto-ongeluk. Maar al snel merkt ze dat er een reden is voor haar kritieke medische verwondingen.
12	Underneath	31 maart 2002	Doggett neemt het op tegen de "Moordende Schroevendraaier". Een seriemoordenaar tegen wie hij het al eens eerder heeft opgenomen.
13	Improbable	7 april 2002	De agenten krijgen te maken met numerologie wanneer ze een seriemoordenaar moeten opsporen.
14	Scary Monsters	14 april 2002	Een vrouw steekt haar zelf meerdere keren wanneer achter de waarheid van een zoontje een mysterieuze dreiging speelt. Het team doet onderzoek.
15	Jump the Shark	21 april 2002	The Lone Gunmen werken samen met Jimmy wanneer ze nieuwe informatie ontdekken over de super-soldiers.
16	William	28 april 2002	Doggett vindt een mysterieuze misvormde man in het X-files kantoor, maar al snel merken Scully, Doggett en Reyes dat de man niet is wie hij zegt dat hij is.
17	Release	5 mei 2002	Wanneer er nieuwe informatie binnenkomt rondom de moord op Doggetts zoon, doet hij een allerlaatste poging om zijn moeilijkste en persoonlijkste zaak op te lossen.
18	Sunshine Days	12 mei 2002	Doggett, Reyes, Scully en Skinner doorzoeken een mysterieuze moordzaak waarbij de hoofdverdachte geobserdeerd is door The Brandy Bunch.
19	The Truth	19 mei 2002	Nadat Mulder heeft ingebroken bij een militaire basis, wordt hij veroordeeld omdat hij wordt beschuldigd voor de moord op een super-soldier. Ondertussen neemt Skinner de leiding op zich, terwijl Scully, Reyes en Doggett een plan moeten verzinnen om hem te redden van de mysterieuze waarheid.

The X-Files: I Want To Believe.

Zes jaar na de laatste aflevering, werkt Scully voor een katholiek ziekenhuis. Maar dan wordt ze benaderd door de FBI om met Mulder contact op te nemen. Ze willen alle aanklachten kwijtschelden in ruil voor dat Mulder helpt bij het onderzoek naar een aantal vrouwen die vermist zijn geraakt in het koude Virginia. De enige aanwijzingen zijn de lichamen die in de sneeuw worden teruggevonden. Wanneer Mulder eerst met tegenzin aan de zaak werkt, ontdekt hij dat de zaak verband houdt met het experimenteren van hoofd-transplantatie.